医学领域相关的研究过程中,生理、病理研究的一般思路为:
观察生理过程、病理表型 >> 筛选关键分子、关键通路 >> 解析信号转导、分子机制 >> 验证功能、临床意义
▶ 基于质谱的蛋白质组学研究能够为上述研究过程提供关键路径:
一、观察生物过程、病理表型>>筛选关键分子、关键通路:
如何从生物现象、表型出发,找出其中发挥重要作用的关键蛋白,往往是挡在研究起点的主要问题。基于质谱的组学技术,可实现对生物样本中上百上千的蛋白质或代谢物,同时进行定性、定量分析,基于该组学数据:(1)研究者能够获得大量的分子表达信息,从系统层面上进行研究;(2)更重要的是,根据这些丰富的信息,研究者可以从中挑选出可能具有重要作用的关键分子,为后续研究打开大门。
二、关键分子、关键通路>>分子机制解析:
找到关键分子和通路后,更深入的研究,往往在于更细致地解析出关键分子是如何发挥作用的。通常有以下两个研究方向:
(1) 阐明关键分子所调控的下游通路
将对照组与处理组(如基因敲除、过表达、因子刺激等)进行蛋白质组、修饰组或代谢组分析,即可获得目标分子被干预或因子处理后所引起的成百上千种蛋白质、代谢物的表达变化情况,这些变化的分子反映出目标分子的调控效应,进而实现: 1) 系统性解析关键分子所调控的下游信号网络;2) 在此基础上,进一步研究关键分子的功能与作用。
(2) 解析关键分子与其他分子的相互作用关系
研究者可以对感兴趣的目标蛋白进行亲和实验(IP或pull down),然后将蛋白复合物直接进行质谱鉴定或定量分析,质谱可对沉淀复合物的组成进行的系统解析:研究者能够获得该蛋白的完整蛋白互作网络,并从中找出关键的互作关系,为后续深入的机制研究提供基础。
1. Proteomics in plasma of ovariectomized rats and those exposed to estradiol valerate. J Steroid Biochem Mol Biol. 2018. 【客户文献】
2. CLOCK Acetylates ASS1 to Drive Circadian Rhythm of Ureagenesis. Mol Cell. 2017.【客户文献】
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