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定量蛋白质组 • TMT 标记蛋白质组

 

· 产品定义

TMT 标记蛋白质组(Tandem mass tag)是由ThermoFisher Scientific公司研发的一种多肽体外等重同位素标记的相对与绝对定量技术,采用6、10及16种同位素的标签,通过特异性标记多肽的氨基基团,经高分辨质谱仪串联分析,可同时比较多达16种样品之间的蛋白质表达量,是标记定量蛋白质组学中的高通量筛选技术。

 

· 技术路线

 

· 技术优势

1. 同一批次标记的样本统一处理,减少样本处理及实验误差,实验平行性较高

2. 同一批次标记定量稳定性高

3. 通过分级方法可大大增加蛋白鉴定深度

 

· 数据分析

标准数据分析内容

鉴定分析

鉴定与定量结果统计;单个样本蛋白质鉴定结果统计;韦恩图

表达差异分析

差异结果统计;差异结果柱状图;火山图;聚类分析图;

多组的比较分析(组别>=3

mufzz聚类;雷达图;箱线图

功能分析

亚细胞定位;结构域分析;GO功能分析;KEGG通路分析;互作网络分析

质量控制分析

肽段离子质量偏差分布、肽段例子得分分布、蛋白质丰度比分布

高级数据分析

功能分析

GSEA富集分析

临床药物研究

药物靶点注释

标志物筛选

集成机器学习

与临床表征的联合分析

热图;弦图;ROC分析;WGCNA分析

关于个性化数据分析需求,请来电咨询

 

· 推荐应用领域

1. 农林领域:抗逆胁迫机制,生长发育机制,育种保护研究等

2. 畜牧业:肉类及乳品质研究,致病机理研究等

3. 基础医学、临床诊断:生物标志物,疾病机理机制,疾病分型,个性化治疗等

4. 生物医药:药物作用机理,药效评价,药物开发等

5. 微生物领域:致病机理,耐药机制,病原体-宿主相互作用研究等

6. 海洋水产:渔业资源,海水养殖,渔业环境与水产品安全等

7. 生物能源、环境科学领域:发酵过程优化,生物燃料生产,环境危定风险评估研究等

8. 食品营养:食品储藏及加工条件优化,食品组分及品质鉴定,功能性食品开发,食品安全监检测等

 

· 送样建议

样品类型

推荐样本量

动物组织类

常规动物组织(脑、心、肝、脾、肺、肾、肌肉、皮肤等)

≥30mg

植物组织类

柔软组织(木本植物的叶、花等,草本科植物,藻类,蕨类植物,大型真菌等)

100mg

微生物类

菌类

50mg

细胞样品

悬浮/贴壁培养细胞

≥1 × 10^7

体液样本

血清/血浆

100μL

外泌体

提取完成的外泌体

100μg        

其他类

细胞上清

≥5mL

 

· 应用案例

       1. Ago2 Protects Against Diabetic Cardiomyopathy by Activating Mitochondrial Gene Translation. Circulation. 2024.

TMT标记蛋白质组探究Ago2通过激活线粒体基因翻译预防糖尿病性心肌病的机制【客户文章】

       2. Multi-Omics analysis reveals the unexpected immune regulatory effects of arsenene nanosheets in tumor microenvironment. ACS Applied Materials & Interfaces.2023.

TMT标记蛋白质组联合其他组学分析揭示肿瘤微环境的免疫调节作用【客户文章】

       3. A de novo missense mutation in MPP2 confers an increased risk  of Vogt–Koyanagi–Harada disease as shown by trio-based whole-exome sequencing. Cellular & Molecular Immunology. 2023.

TMT标记蛋白质组探究VKH病机制【客户文章】