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蛋白质组
通过GO功能注释概括每个蛋白质的功能、细胞定位和参与的生物学过程。
通过GO功能富集分析进一步了解哪些功能或生物学途径受到生物学处理的显著影响。
通过KEGG通路注释了解这些蛋白可能参与的代谢或信号通路，从而显示蛋白质从细胞表面到细胞核的一系列变化过程，揭示参与该过程的一系列生物学事件和作用因子等。
通过KEGG通路富集分析进一步了解哪些代谢或信号通路受到生物学处理的显著影响。
聚类分析可以反映不同样本间蛋白质表达量的变化，还可以选取能决定不同样本间差异的关键靶点。
蛋白质互作网络分析可以为通路之间的关系和相互作用的研究提供思路，对于在系统层次上研究不同生理、病理条件下样本生物学过程的变化机制、疾病的发生机制、药物作用机理等有重要意义。
COG/KOG注释是通过结合进化关系对蛋白功能注释。
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