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前沿新品测评| DIA磷酸化产品优势大揭秘

2020-06-12

从《Nature Methods》年度关注技术到癌症登月计划,DIA——全息扫描蛋白质组技术,突破了传统的数据采集模式,实现了无偏向性地采集样本中所有分子信息,在覆盖度、准确性、稳定性上实现了全面提升,是当下蛋白质组学研究领域的热门技术。

2020年哥本哈根大学健康与医学科学院蛋白研究中心Jesper V. Olsen团队发表在《Nature Communications》的“Rapid and site-specific deep phosphoproteome profiling by data-independent acquisition without the need for spectral libraries”一文中报道了突破性的DIA磷酸化蛋白质组学分析技术,将DIA从蛋白质分析扩大至蛋白质磷酸化分析,让翘首以盼的DIA磷酸化蛋白质组学技术由梦想变为现实,推动蛋白质磷酸化修饰分析跨入新篇章,实现了修饰组分析的全新突破!现中科新生命紧跟前沿技术,推出重磅新品----DIA磷酸化蛋白质组分析。

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作为拥有数千例样本DIA蛋白质组检测与磷酸化蛋白质组学服务经验的公司,中科新生命基于已建立优化的DIA磷酸化蛋白质组学分析方法,为大家带来最新技术测评报告——揭秘DIA磷酸化蛋白质组学新产品三大优势。

高覆盖度:修饰位点15000+,鉴定水平提升超70%

以293T细胞作为测试对象,相比于传统DDA方法,DIA方法鉴定到的磷酸化肽段数量提升近一倍,突破15000+的鉴定能力。293T细胞提取并富集磷酸化肽段后,分别进行传统蛋白质组方法(DDA模式)、DIA方法(常规建库+DIA模式)以及DIA方法(深度建库+DIA模式)的样本检测,每个样本重复三次分析,并采用严格的过滤标准(protein & peptide 双FDR <0.01,位点 localization probability>0.75),考察单个样本、单针分析条件下的鉴定能力。

结果:DDA模式单针进样平均鉴定到8000+个磷酸化修饰位点;而DIA(常规建库+DIA模式)单针进样,平均鉴定到近15000个磷酸化修饰位点,鉴定水平提升超70%;DIA(深度建库+DIA模式)单针进样,平均鉴定到近18000个磷酸化修饰位点,鉴定提升超100%。

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高准确性:定量准确性接近靶向检测技术

传统的数据采集方法(DDA)采用一级信号定量,干扰信号多,且由于扫描的重复性相对低,因此定量稳定性和准确性相对低。而DIA技术采用二级信号定量,信号干扰少,特异性高,且扫描重复性高、覆盖度高,因此定量稳定性和准确性更高。DIA定量的重复性、准确性、线性范围,可接近选择性、特异性的靶向定量技术MRM/PRM水平,两者的定量结果相关性(R2)高达0.95。

高稳定性:重现性提升近一倍

在重现性方面,DIA展现出了DDA模式下难以达到的优越稳定性,这对于大规模样本(如临床大队列样本、多药物浓度梯度处理样本等)的磷酸化蛋白质组研究具有巨大的应用价值。测试结果表明,DIA的三次样本重复所鉴定到的磷酸化肽段的重复性达80%,比DDA模式高出30%。

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在定量稳定性上,DIA模式三次重复的CV值(中位数)仅5.8%,远优于传统模式13%;相关性分析中,DIA模式下的样本间相关性(R2)超过0.98。

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总结

基于DIA全息扫描的模式,DIA磷酸化蛋白质组学展现出优越的 “高覆盖度”、“高准确性”、“高稳定性”特点,对于药靶筛选、激酶分析、 植物激素调控、神经疾病等磷酸化修饰研究均可实现深度、全面的信号通路覆盖,无需担忧实验重复性;尤其是对临床大队列样本的分子分型分析,稳定性有保障。


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