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深度空间代谢组学常见Q&A(技术介绍及样本准备)

2022-04-22


空间代谢组学作为一种新技术,很多老师们开展实验前对于样本准备和前处理存在很多疑问,本文总结了开展项目和样本前处理的常见问题供大家参考。

Q1 什么是空间代谢组学?
空间代谢组学(Spatial Metabolomics)基于质谱成像(Mass Spectrometry Imaging,MSI)开发,能够直接从生物组织中获得大量已知或未知的内源性代谢物和外源性药物等分子的结构、含量和空间分布信息,避免通过匀浆处理样本,造成的代谢物空间信息丢失,实现空间水平高分辨率且能精准定位组织中的代谢物分布。对组织中的代谢异质研究、积累和调控机理至关重要。

Q2 空间代谢组的工作流程是什么?


图1 空间代谢组学工作流程

中科新生命深度空间代谢组学提供由切片到分析的完整深度空间代谢组学解决方案,基于Bruker最新质谱成像平台TIMS-TOF flex MALDI 2搭建,同时可开展靶向检测与非靶向探索两种模式,结合多功能集成成像分析工作站可以满足多元化分析检测需求,小伙伴们仅需准备好组织样本即可开展实验。

Q3 什么样本可以用来做空间代谢组分析?
理论上可以被制备成切片的组织样本均可以开展空间代谢组学分析,在准备过程中需要注意样本中代谢物种类、含量和空间分布不受到非实验因素影响,所以通常使用新鲜组织样本进行空间代谢组学分析。另一方面大家比较关注FFPE类样本,因为其在脱水及固定的过程中代谢物伴随各类溶剂大量流失,空间分布发生变化,导致最终检测效果无法真实反应表型,所以不推荐使用。

Q4 要制备一张高质量的切片,送样前处理应该做什么?
最佳推荐方法是使用10%的CMC通过异戊烷+干冰速冻对组织进行包埋。其中异戊烷与干冰一起使用可以达到比较理想的控温效果,极大程度减少组织中因速冻产生的冰晶,可以在速冻保持代谢物状态的同时,维持较好组织的形态。


图2 推荐包埋流程

如果实验中缺乏包埋条件,也可以选择干冰或者液氮直接速冻,后续再由我司进行包埋,但是这种方法可能会导致组织内部产生较多冰晶。
*具体操作方法请联系我们并索要《中科新生命深度的空间代谢组学送样建议》

Q5 样本可以保存多久?可以分批采样吗?
可以分批采样,样本在-80℃条件下可以长期保存,样本尽可能保存于低温冰箱深处并保持与空气隔离,可以有效防止外部水汽在样本表面凝结形成冰晶或者冻融导致样本结构形态产生变化。

Q6 可以直接送切片样本进行空间代谢组学分析吗?
可以,自制切片可以节省沟通时间,加快实验周期。需要注意的是空间代谢组学样本需放置于导电载玻片上,如自制切片请提前联系我们寄送导电载玻片,标准导电载玻片规格为2.5cm * 7.5cm,切片放置区域为下图红框标定的定位孔内。


图3 导电载玻片

Q7 直接寄送组织类样本后,如何开展切片实验呢?
送样后技术部会与您沟通时间,以在线实时的形式,共同完成切片与H&E染色,直到确认上机检测的切片。

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