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告别单细胞测序样本保存和分析难题——临床纵向队列固定RNA单细胞转录组新品尝鲜

2022-07-06

临床单细胞_画板 1 副本 20(2)(1).jpg


目前最火的组学技术是什么?单细胞转录组测序毫无疑问是其中之一。然而,和其它组学技术相比,单细胞测序对于样本的要求又显得无比苛刻——新鲜组织从离体到完成单细胞捕获的时间一般不能超过48小时。另一方面,随着精准医疗理念的不断深入人心,临床队列研究也越来越多地从横截面研究转向前瞻性纵向队列研究。

由此,引出了一个棘手的问题:如果研究者需要在采样时间点后一个月观察患者状态来决定是否对该样本进行单细胞测序,该如何操作呢?以往,我们通常只有两种选择:

先完成单细胞捕获和建库,这种选择的代价是付出极高昂的成本

冰冻组织,之后抽核进行单细胞核转录组测序,但这种选择不太适合所有的研究方向(尤其是关注免疫细胞的研究)。

总之,到目前为止还没有一个完美的方案能够解决单细胞测序在临床纵向队列中应用的难题。

除了样本保存困难之外,临床纵向队列的单细胞生信分析数据挖掘也是困扰很多临床医学研究者的另一大难题。单细胞测序本身的数据量已经是常规bulk组学的几个数量级,一旦再加上纵向时间点维度,所产生数据的复杂程度让需要研究者望而却步。


针对以上这些痛点问题,中科新生命近期推出了“临床纵向队列固定RNA单细胞转录组整体解决方案”。该产品主要包含技术解决方案生物信息分析解决方案两部分。



#01

技术解决方案





技术部分,采用了 10x Genomics推出的一项新技术Chromium Fixed RNA Profiling Reagent Kits。这项技术最核心的特点是能够锁定并保存迅速变化的细胞状态,解决单细胞测序必须使用新鲜样本的痛点。从下图可以看到,在加入RNA固定试剂后再冷冻保存,样本中检出的细胞比例基本没有变化,由此可见RNA固定后的样本稳定性。使用该技术,临床研究者们可以将单细胞测序待测样本保存起来,安心地去做病理切片观察、WB、或是临床随访来决定是否启用该样本。


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图1 PBMC加入RNA固定试剂后不同保存时间的单细胞转录组测序细胞检出情况(数据来源:10x Genomics官网)



#02

生物信息分析解决方案





生物信息分析部分,中科新生命前期已推出重磅临床研究方案——“纵向队列多组学研究解决方案”,包括“研究方案设计-多维度组学分析-纵向队列分析生信挖掘”的一站式服务,这些生物信息分析模块不仅适用于单细胞转录组测序数据分析,更适用于单细胞组学与其它常规组学的多组学联合分析(如蛋白质组、代谢组等),从而帮助研究者充分挖掘珍贵的临床数据。


——  纵向队列数据生信挖掘——

成熟、成套的四大模块,及定制化深度挖掘

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图2 临床纵向队列多组学生物信息分析模块



最后,优惠福利来了!

买1送3——产品预售期间,每签一个临床纵向队列固定RNA单细胞转录组样本,送3次组织解离及单细胞RNA固定。

买10送全套——签单10个及以上固定RNA单细胞转录组样本,送纵向队列全套高级生信分析。


如果您有临床队列单细胞测序研究的意向,可扫描下方二维码添加“中科新生命企业微信助手咨询

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