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蛋白质组—PROTAC蛋白质组学
合作交流
PROTACs (Proteolysis Targeting Chimeric Molecules)技术基于对靶蛋白泛素化，继而被蛋白酶体降解，以实现对不可成药靶点的干预。PROTACs药物分子结构包括靶蛋白配体，E3泛素化连接酶和连接二者的Linker。
PROTACs介导的靶蛋白降解过程包括
1）PROTAC结合靶蛋白后，E3泛素化连接酶对靶蛋白的泛素化；
2）被泛素化后蛋白将被蛋白酶体降解。
本实验通过质谱技术，从组学层面对PROTAC药物处理后的细胞（或组织）进行分析，尝试对上述两个关键环节进行定量分析：
1） 基于LC-MSMS平台的蛋白质组学分析：对PROTACs引起的蛋白谱变化进行定性定量分析，确认靶蛋白的降解和潜在脱靶情况；
2） 基于中科新生命PROTACs分析标准，对脱靶状态进行评估；
3） 对下调蛋白泛素化水平进行分析，考察被降解蛋白是否被药物泛素化；
*包括蛋白质定量、SDS-PAGE测试、酶解和质谱分析，对样本质量及样本之间的平行性进行初步判断。
1、靶点降解分析：比较不同药物或不同浓度下对靶蛋白的降解能力；
2、脱靶范围分析：比较不同药物的脱靶风险，并对潜在脱靶蛋白生物学功能、细胞定位等进行分析；
3、作用机制分析：对降解蛋白是否基于PROTACs机制进行质谱分析和评估；
| 标准数据分析内容 | |
|---|---|
| 蛋白质总鉴定数量分析 | 蛋定与定量结果统计、差异结果统计、火山图、聚类热图 |
| 差异蛋白质功能分析 | 亚细胞定位、结构域分析、GO功能分析、KEGG通路分析、PPT互作网络分析 |
| 质量控制分析 | 肽段离子质量偏差分布、肽段离子得分分布、蛋白质丰度比分布 |
| 高级数据分析内容 | |
| WGCNA共表达分析 | 获得与表型强关联的核心蛋白质 |
| 趋势聚类分析 | 探讨蛋白质的表达趋势模式 |
全平台蛋白质组学解决方案，由化药专业团队进行方案建议和优化；
丰富的PROTACs项目经验，可根据靶蛋白特征设计检测策略；
结合行业经验评估实验药物的上靶脱靶情况
成熟的蛋白泛素化检测方案，可对蛋白泛素化修饰位点进行定性定量评估，助力linker和E3连接酶优化
Esbroeck A , Janssen A , Cognetta A B , et al. Activity-based protein profiling reveals off-target proteins of the FAAH inhibitor BIA 10-2474[J]. Science (New York, N.Y.), 2017, 356(6342):1084-1087.
Khan S , Zhang X , Lv D , et al. A selective BCL-XL PROTAC degrader achieves safe and potent antitumor activity[J]. Nature medicine,2019.
Sabicki M , Kozicka Z , Petzold G , et al. The CDK inhibitor CR8 acts as a molecular glue degrader that depletes cyclin K[J]. Nature.2020.
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