技术服务

技术服务

Multi-omics Services

多组学服务

蛋白质组—PROTAC蛋白质组学

您现在的位置:首页 - 多组学服务 - PROTAC蛋白质组学 - PROTAC蛋白质组学

PROTAC蛋白质组学

合作交流

PROTACs (Proteolysis Targeting Chimeric Molecules)技术基于对靶蛋白泛素化,继而被蛋白酶体降解,以实现对不可成药靶点的干预。PROTACs药物分子结构包括靶蛋白配体,E3泛素化连接酶和连接二者的Linker

PROTACs介导的靶蛋白降解过程包括

1PROTAC结合靶蛋白后,E3泛素化连接酶对靶蛋白的泛素化;

2)被泛素化后蛋白将被蛋白酶体降解。

 

本实验通过质谱技术,从组学层面对PROTAC药物处理后的细胞(或组织)进行分析,尝试对上述两个关键环节进行定量分析:

1) 基于LC-MSMS平台的蛋白质组学分析:对PROTACs引起的蛋白谱变化进行定性定量分析,确认靶蛋白的降解和潜在脱靶情况;

2) 基于中科新生命PROTACs分析标准,对脱靶状态进行评估;

3) 对下调蛋白泛素化水平进行分析,考察被降解蛋白是否被药物泛素化;


实验流程



1616642124797535.png



*包括蛋白质定量、SDS-PAGE测试、酶解和质谱分析,对样本质量及样本之间的平行性进行初步判断。


应用方向

1、靶点降解分析:比较不同药物或不同浓度下对靶蛋白的降解能力;

2、脱靶范围分析:比较不同药物的脱靶风险,并对潜在脱靶蛋白生物学功能、细胞定位等进行分析;

3、作用机制分析:对降解蛋白是否基于PROTACs机制进行质谱分析和评估;


数据分析


标准数据分析内容
蛋白质总鉴定数量分析蛋定与定量结果统计、差异结果统计、火山图、聚类热图
差异蛋白质功能分析亚细胞定位、结构域分析、GO功能分析、KEGG通路分析、PPT互作网络分析
质量控制分析肽段离子质量偏差分布、肽段离子得分分布、蛋白质丰度比分布
高级数据分析内容
WGCNA共表达分析获得与表型强关联的核心蛋白质
趋势聚类分析探讨蛋白质的表达趋势模式





技术优势

全平台蛋白质组学解决方案,由化药专业团队进行方案建议和优化;

丰富的PROTACs项目经验,可根据靶蛋白特征设计检测策略;

结合行业经验评估实验药物的上靶脱靶情况

成熟的蛋白泛素化检测方案,可对蛋白泛素化修饰位点进行定性定量评估,助力linkerE3连接酶优化


参考文献

1.

Esbroeck A , Janssen A , Cognetta A B , et al. Activity-based protein profiling reveals off-target proteins of the FAAH inhibitor BIA 10-2474[J]. Science (New York, N.Y.), 2017, 356(6342):1084-1087.

2.

Khan S , Zhang X , Lv D , et al. A selective BCL-XL PROTAC degrader achieves safe and potent antitumor activity[J]. Nature medicine,2019.

3.

Sabicki M , Kozicka Z , Petzold G , et al. The CDK inhibitor CR8 acts as a molecular glue degrader that depletes cyclin K[J]. Nature.2020.

推荐技术

合作交流

请填写您的需求表格,我们会安排专业的工作人员与您联系!

*

*

*

*

*