蛋白质组—PROTAC蛋白质组学
合作交流
PROTACs (Proteolysis Targeting Chimeric Molecules)技术基于对靶蛋白泛素化,继而被蛋白酶体降解,以实现对不可成药靶点的干预。PROTACs药物分子结构包括靶蛋白配体,E3泛素化连接酶和连接二者的Linker。
PROTACs介导的靶蛋白降解过程包括
1)PROTAC结合靶蛋白后,E3泛素化连接酶对靶蛋白的泛素化;
2)被泛素化后蛋白将被蛋白酶体降解。
本实验通过质谱技术,从组学层面对PROTAC药物处理后的细胞(或组织)进行分析,尝试对上述两个关键环节进行定量分析:
1) 基于LC-MSMS平台的蛋白质组学分析:对PROTACs引起的蛋白谱变化进行定性定量分析,确认靶蛋白的降解和潜在脱靶情况;
2) 基于中科新生命PROTACs分析标准,对脱靶状态进行评估;
3) 对下调蛋白泛素化水平进行分析,考察被降解蛋白是否被药物泛素化;
*包括蛋白质定量、SDS-PAGE测试、酶解和质谱分析,对样本质量及样本之间的平行性进行初步判断。
1、靶点降解分析:比较不同药物或不同浓度下对靶蛋白的降解能力;
2、脱靶范围分析:比较不同药物的脱靶风险,并对潜在脱靶蛋白生物学功能、细胞定位等进行分析;
3、作用机制分析:对降解蛋白是否基于PROTACs机制进行质谱分析和评估;
标准数据分析内容 | |
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蛋白质总鉴定数量分析 | 蛋定与定量结果统计、差异结果统计、火山图、聚类热图 |
差异蛋白质功能分析 | 亚细胞定位、结构域分析、GO功能分析、KEGG通路分析、PPT互作网络分析 |
质量控制分析 | 肽段离子质量偏差分布、肽段离子得分分布、蛋白质丰度比分布 |
高级数据分析内容 | |
WGCNA共表达分析 | 获得与表型强关联的核心蛋白质 |
趋势聚类分析 | 探讨蛋白质的表达趋势模式 |
全平台蛋白质组学解决方案,由化药专业团队进行方案建议和优化;
丰富的PROTACs项目经验,可根据靶蛋白特征设计检测策略;
结合行业经验评估实验药物的上靶脱靶情况
成熟的蛋白泛素化检测方案,可对蛋白泛素化修饰位点进行定性定量评估,助力linker和E3连接酶优化
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