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蛋白质组—外泌体

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外泌体多组学

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外泌体(Exosomes)是细胞外囊泡的一种类型,是细胞中分泌的内吞来源小膜囊泡,具有脂质双分子结构,直径约 30~150 nm。 广泛存在于各种体液(血液、尿液、乳汁等)及细胞培养上清中,并携带蛋白质、修饰蛋白、脂类、代谢物、多种核酸(miRNAsmRNAs)等活性物质。对外泌体进行大规模组学分析有助于标志物发现、临床诊断、疾病机制研究等。


实验流程

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数据分析

                                     外泌体蛋白质组多种高级数据分析,满足各应用方向一体化分析流程

标准数据分析

鉴定数量统计:蛋白鉴定与定量结果统计、PCA分析、韦恩图分析

表达差异统计:差异结果数量统计、火山图、聚类热图

生物功能分析:亚细胞定位、结构域分析、GO功能分析、KEGG富集分析、互作网络及module分析、WGCNA表型与组学关联分析

质控分析:色谱峰平均数据点、Peak   capacity分析、内标iRT保留时间分析、QC样本质控分析

高级数据分析

标志物筛选:集成机器学习

分子分型:蛋白基因组分析

多组学联合:转录组+蛋白质组、蛋白质组+修饰组、修饰组+代谢组、转录组+蛋白质组+代谢组

外泌体脂质组全面表征脂质组成、含量、饱和度、链长度

标准数据分析

鉴定数量与组成分析:脂质亚类和分子鉴定数量、脂质亚类含量比例、脂质含量动态分布范围

脂质含量差异分析:总量、Class水平、Species水平

脂质链长度变化分析、脂质链饱和度变化分析

高级数据分析

标志物筛选:集成机器学习

与目标参数关联分析:OPLS回归分析/WGCNA分析

多组学联合:转录组+脂质组、蛋白质组+脂质组、代谢组+脂质组、转录组+蛋白质组+脂质组


参考文献

1.

M2 Macrophage–Derived Exosomes Facilitate HCC Metastasis by Transferring αMβ2 Integrin to Tumor Cells. 2021. Hepatology. (IF 17.425)

外泌体蛋白质组学助力肿瘤转移机制研究

2.

Epithelial exosomal contactin-1 promotes monocyte-derived dendritic cells-dominant T cell responses in asthma.2021. Journal of Allergy and Clinical Immunology. (IF 10.228) 【客户文献】

外泌体蛋白质组学解析哮喘进程新机制

3.

Oral administration of bovine milk-derived extracellular vesicles induces senescence in the primary tumor but accelerates cancer metastasis.2021. Nature Communications.(IF 14.919)

外泌体蛋白质组学助力揭示外泌体在跨界通信中的作用

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