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高通量测序—基因组测序

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宏基因组

合作交流

宏基因组学(Metagenomics),是由 Handelman最先提出的一种直接对微生物群体中包含的全部基因组信息进行研究的手段。它规避了对样品中的微生物进行分离培养,提供了一种对不可分离培养的微生物进行研究的途径,更真实的反应样本中微生物组成、互作情况,同时在分子水平对其代谢通路、基因功能进行研究。

实验流程

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应用方向


生物领域各个研究方面,如:


²  农林领域:抗逆胁迫机制,生长发育机制,育种保护研究等;


²  畜牧业:肉类及乳品质研究,致病机理研究等;


²  基础医学、临床诊断:生物标志物,疾病机理机制,疾病分型,个性化治疗等;


²  生物医药:药物作用机理,药效评价,药物开发等;


²  生物能源、环境科学领域:发酵过程优化,生物燃料生产,环境危定风险评估研究等。


数据分析

标准信息分析

高级信息分析

测序数据质量评估

CCA/RDA分析

基因预测

拷贝数变异分析

物种、功能注释

CAG/MLG分析


噬菌体分析


技术优势

²  直接对特定环境中全部微生物群体基因组进行测序;

²  除分析微生物群体多样性和丰度外,还可以解析微生物基因功能和参与的代谢通路,发掘新的具有特定功能的基因。



参考文献

1.

Zhao L, Huang Y, Lu L, et al. Saturated long-chain fatty acid-producing bacteria contribute to enhanced colonic motility in rats(Microbiome, 2018).

2.

Structure and function of the global ocean microbiome[J]. Science, 348.

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