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高通量测序—转录组测序

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全转录组

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全转录组(Whole transcriptome),是指特定组织或细胞在特定状态下转录出的所有转录本信息的总和,基于二代测序平台,采用去核糖体链特异性和小片段富集筛选的建库方法,实现编码RNA和非编码RNAmiRNA, lncRNA, circRNA)的建库、测序、生物信息学分析及联合分析、ceRNA调控网络等,研究基因表达变化的同时分析非编码RNA对其调控作用,深入挖掘解读生命现象背后的转录与调控问题。


实验流程

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应用方向


生物领域各个研究方面,如:


²  农林领域:抗逆胁迫机制,生长发育机制,育种保护研究等;


²  微生物领域:致病机理,耐药机制,病原体-宿主相互作用研究等;


²  海洋水产:渔业资源,海水养殖,渔业环境与水产品安全等;


²  基础医学、临床诊断:生物标志物,疾病机理机制,疾病分型,个性化治疗等;


数据分析

基础分析

互作网络分析

数据质控

靶基因分析

参考基因组比对

ceRNA调控网络

RNAs鉴定和预测

蛋白互作网络

表达及差异表达分析



技术优势


²  数据丰富:一份样本可同时获得4RNAmiRNAlncRNAmRNAcircRNA)的信息;


²  全面的关联分析:可以进行两两间关联分析和两者以上ceRNA网络调控分析,不仅可以解释生物学现象背后的网络调控机制,而且有助于缩小筛选范围,挖掘关键基因。


参考文献

1.

Linjun, Hong, Ting, et al. Genome-Wide Analysis of Circular RNAs Mediated ceRNA Regulation in Porcine Embryonic Muscle Development.[J]. Frontiers in cell and developmental biology, 2019, 7:289-289.

2.

Guoqiang F, Zhe W, Xiaoqiao Z, et al. ceRNA Cross-Talk in Paulownia Witches' Broom Disease[J]. International journal of molecular sciences, 2019.

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