合作交流
全转录组(Whole transcriptome),是指特定组织或细胞在特定状态下转录出的所有转录本信息的总和,基于二代测序平台,采用去核糖体链特异性和小片段富集筛选的建库方法,实现编码RNA和非编码RNA(miRNA, lncRNA, circRNA)的建库、测序、生物信息学分析及联合分析、ceRNA调控网络等,研究基因表达变化的同时分析非编码RNA对其调控作用,深入挖掘解读生命现象背后的转录与调控问题。
生物领域各个研究方面,如:
² 农林领域:抗逆胁迫机制,生长发育机制,育种保护研究等;
² 微生物领域:致病机理,耐药机制,病原体-宿主相互作用研究等;
² 海洋水产:渔业资源,海水养殖,渔业环境与水产品安全等;
² 基础医学、临床诊断:生物标志物,疾病机理机制,疾病分型,个性化治疗等;
基础分析 | 互作网络分析 |
数据质控 | 靶基因分析 |
参考基因组比对 | ceRNA调控网络 |
RNAs鉴定和预测 | 蛋白互作网络 |
表达及差异表达分析 |
² 数据丰富:一份样本可同时获得4种RNA(miRNA,lncRNA,mRNA,circRNA)的信息;
² 全面的关联分析:可以进行两两间关联分析和两者以上ceRNA网络调控分析,不仅可以解释生物学现象背后的网络调控机制,而且有助于缩小筛选范围,挖掘关键基因。
Linjun, Hong, Ting, et al. Genome-Wide Analysis of Circular RNAs Mediated ceRNA Regulation in Porcine Embryonic Muscle Development.[J]. Frontiers in cell and developmental biology, 2019, 7:289-289.
Guoqiang F, Zhe W, Xiaoqiao Z, et al. ceRNA Cross-Talk in Paulownia Witches' Broom Disease[J]. International journal of molecular sciences, 2019.
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