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4D-泛素化修饰蛋白质组学

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蛋白泛素化修饰(Ubiquitination)常伴随泛素-蛋白酶体降解,引起蛋白稳定性变化,参与增殖凋亡、内吞、免疫等各种生物调控过程。其发生过程是通过一个三酶级联 (E1-E2-E3)反应,使得单或多个泛素分子连接到蛋白氨基酸(Lys)侧链上,并常伴随蛋白酶体降解,调控蛋白表达水平变化。发生泛素化修饰的赖氨酸共价连接泛素分子,即两个甘氨酸K-ε-GG残基,使分子量产生114.1 Da的质量偏移。利用质谱可准确测定分子量是否发生114.1Da的质量偏移,从而检测泛素化修饰肽段及位点。 4D-label free泛素化蛋白组学是基于timsTOF Pro质谱仪,通过数据依赖性采集-同步累积连续碎裂(ddaPASEF)扫描模式进行泛素化差异蛋白质组学分析。4D-label free修饰组,利用了离子淌度分离,能根据分子的形状、截面积属性,可有效区分修饰同分异构多肽,极大提高修饰的鉴定深度,以更少上样量、更快扫描速度,实现蛋白质组学在覆盖深度、灵敏度、通量方面的全面性提升。

实验流程



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应用方向

植物发育与抗逆

感染与免疫研究

衰老再生及退行性疾病。



数据分析

标准数据分析内容

蛋白质总鉴定数量分析

蛋白鉴定与定量结果统计、韦恩图分析、差异结果数量统计、火山图、聚类热图

蛋白质功能分析

亚细胞定位、结构域分析、motif分析、GO功能分析、KEGG通路分析、互作网络分析

质量控制分析

肽段相对分子质量分布、肽段序列长度分布




技术优势

▶ 4D技术加持,提高定量的准确性、鉴定深度,更加适合微量样本;

▶ 克服标记定量蛋白质组学技术在样本数量上的限制,灵活方便;

▶ 基于质谱平台(Bruker timsTOF pro),检测速度提升近一倍;

▶ 经验丰富——超16年蛋白平台服务经验,拥有丰富的高水平项目文章;

▶ 数据保证——采用进口金标抗体,数据结果稳定可靠;

▶ 系统解决方案——提供修饰组学至验证、上下游联合分析,实现快捷”一站式”服务。


推荐组合产品:蛋白表达水平全面解析:转录组+蛋白组+泛素化组。


参考文献

1.

Genome-wide identification of U-box genes and protein ubiquitination under PEG-induced drought stress in potato. 2021. Physiologia Plantarum. (IF 4.50) 【客户文献】

Label free泛素化蛋白组学协助研究马铃薯抗干旱胁迫分子机制

2.

Proteomic Analysis of Ubiquitinated Proteins in Rice (Oryza sativa) After Treatment With Pathogen-Associated Molecular Pattern (PAMP) Elicitors. 2019. Frontiers in Plant Science. (IF 5.753) 【客户文献】

Label free泛素化蛋白组学助力水稻防御机制研究

3.

Rewiring of the ubiquitinated proteome determines ageing in C. elegans. 2021. Nature.(IF 49.962)

Label free泛素化蛋白组学发现抗衰老新机制

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