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翻译后修饰组—修饰蛋白定量分析

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4D-甲基化修饰蛋白质组学

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蛋白甲基化(Methylation)能修饰组蛋白、转录因子等蛋白上的甲基化变化,参与基因表达调控、相互作用等多种过程中。其发生过程是将甲基化通过甲基酶促转移到蛋白质的氨基酸残基上。蛋白质的甲基化通常发生在精氨酸和赖氨酸上,可同时连接最多3个甲基基团,其单/双/三甲基化的分子量会相应增加14.02 Da/28.03 Da/42.05 Da。质谱可精确测定这些分子量的变化,检测甲基化修饰肽段及位点的分析。 4D-label free甲基化修饰蛋白组学是基于新一代timsTOF Pro质谱仪,通过数据依赖性采集-同步累积连续碎裂(ddaPASEF)扫描模式进行甲基化差异蛋白质组学分析。4D-label free修饰组,利用了离子淌度分离,能根据分子的形状、截面积属性,可有效区分修饰同分异构多肽,极大提高修饰的鉴定深度,以更少上样量、更快扫描速度,实现蛋白质组学在覆盖深度、灵敏度、通量方面的全面性提升。

实验流程



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应用方向

▶ 染色质结构以及转录调控;

▶ 稳定蛋白质,调控蛋白转录以及结合活性、DNA复制和损伤;

▶ 癌症、衰老、老年痴呆等许多疾病密切相关,是表观遗传学的重要研究内容。

数据分析

标准数据分析内容
蛋白质总鉴定数量分析蛋白鉴定与定量结果统计、韦恩图分析、差异结果数量统计、火山图、聚类热图
差异蛋白质功能分析亚细胞定位、结构域分析、motif分析、GO功能分析、KEGG通路分析、互作网络分析
质量控制分析肽段离子质量偏差分布、肽段离子得分分布、蛋白质丰度比分布
高级数据分析内容
WGCNA共表达分析获得与表型强关联的核心蛋白质
趋势聚类分析探讨蛋白质的表达趋势模式



技术优势

▶ 4D技术加持,提高定量的准确性、鉴定深度,更加适合微量样本;

▶ 克服标记定量蛋白质组学技术在样本数量上的限制,灵活方便;

▶ 前沿技术——基于新一代质谱平台(Bruker timsTOF pro),检测速度提升近一倍;

▶ 经验丰富——超16年蛋白平台服务经验,拥有数量与质量领先的高水平项目文章;

▶ 数据保证——采用进口金标抗体,高标准修饰富集操作,数据结果稳定可靠;

▶ 系统解决方案——提供修饰组学至验证、上下游联合分析,实现快捷”一站式”服务。

参考文献

1.

Online Parallel Accumulation-Serial Fragmentation (PASEF) with a Novel Trapped Ion Mobility Mass Spectrometer. Mol Cell Proteomics. 2018.

前沿技术4D蛋白质组学技术原理介绍

2.

diaPASEF: parallel accumulation–serial fragmentation combined with data-independent acquisition. Nat Methods. 2020.

4D-DIA技术原理介绍:diaPASEF

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