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合作交流
蛋白甲基化（Methylation）能修饰组蛋白、转录因子等蛋白上的甲基化变化，参与基因表达调控、相互作用等多种过程中。其发生过程是将甲基化通过甲基酶促转移到蛋白质的氨基酸残基上。蛋白质的甲基化通常发生在精氨酸和赖氨酸上，可同时连接最多3个甲基基团，其单/双/三甲基化的分子量会相应增加14.02 Da/28.03 Da/42.05 Da。质谱可准确测定这些分子量的变化，检测甲基化修饰肽段及位点的分析。 4D-label free甲基化修饰蛋白组学是基于timsTOF Pro质谱仪，通过数据依赖性采集-同步累积连续碎裂（ddaPASEF）扫描模式进行甲基化差异蛋白质组学分析。4D-label free修饰组，利用了离子淌度分离，能根据分子的形状、截面积属性，可有效区分修饰同分异构多肽，极大提高修饰的鉴定深度，以更少上样量、更快扫描速度，实现蛋白质组学在覆盖深度、灵敏度、通量方面的全面性提升。
▶ 染色质结构以及转录调控；
▶ 稳定蛋白质，调控蛋白转录以及结合活性、DNA复制和损伤；
▶ 癌症、衰老、老年痴呆等许多疾病密切相关，是表观遗传学的重要研究内容。
| 标准数据分析内容 | |
|---|---|
| 蛋白质总鉴定数量分析 | 蛋白鉴定与定量结果统计、韦恩图分析、差异结果数量统计、火山图、聚类热图 |
| 差异蛋白质功能分析 | 亚细胞定位、结构域分析、motif分析、GO功能分析、KEGG通路分析、互作网络分析 |
| 质量控制分析 | 肽段离子质量偏差分布、肽段离子得分分布、蛋白质丰度比分布 |
| 高级数据分析内容 | |
| WGCNA共表达分析 | 获得与表型强关联的核心蛋白质 |
| 趋势聚类分析 | 探讨蛋白质的表达趋势模式 |
▶ 4D技术加持，提高定量的准确性、鉴定深度，更加适合微量样本；
▶ 克服标记定量蛋白质组学技术在样本数量上的限制，灵活方便；
▶ 技术平台——基于代质谱平台（Bruker timsTOF pro），检测速度提升近一倍；
▶ 经验丰富——超16年蛋白平台服务经验，拥有丰富的高水平项目文章；
▶ 数据保证——采用进口金标抗体，数据结果稳定可靠；
▶ 系统解决方案——提供修饰组学至验证、上下游联合分析，实现快捷”一站式”服务。
Online Parallel Accumulation-Serial Fragmentation (PASEF) with a Novel Trapped Ion Mobility Mass Spectrometer. Mol Cell Proteomics. 2018.
前沿技术4D蛋白质组学技术原理介绍
diaPASEF: parallel accumulation–serial fragmentation combined with data-independent acquisition. Nat Methods. 2020.
4D-DIA技术原理介绍：diaPASEF
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