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Label-free

产品定义

蛋白质非标记定量技术(label-free)是通过液质联用技术对蛋白质酶解肽段进行质谱分析,无需使用昂贵的稳定同位素标签做内部标准,只需分析大规模鉴定蛋白质时所产生的质谱数据,比较不同样品中相应肽段的信号强度,从而对肽段对应的蛋白质进行相对定量。

技术原理

非标记定量蛋白质组学已成为越来越重要的质谱定量方法,按照其原理主要分为两种:

[1]  Spectrum counts类的非标记定量方法:发展比较早,已经形成多种定量算法,但主要原理都是以MS2的鉴定结果为定量基础,各种方法的差别在于后期算法在大规模数据上的修正。

[2]  另一种非标记定量方法的原理是以MS1为基础,计算每个肽段的信号强度在LC-MS色谱上的积分,MaxQuant是领先的蛋白质组学定性定量算法,现在已经渐渐成为蛋白质组学领域内的标准解决方案之一。


实验流程

注释:“样品及实验预判”包括蛋白质定量、SDS-PAGE测试、酶解和质谱分析,对样品质量及样品之间的平行性进行初步判断。

使用仪器

Thermo Scientific Q Exactive

技术优势

蛋白质不需要进行标记,所需样品总量少,耗费低。

应用领域

疾病标志物筛选             作用机制研究

植物抗逆研究                药物作用靶点研究

特殊功能蛋白质筛选

样品要求

样品类型

样品要求(/组样品)

蛋白质提取物

浓度 >1μg/μl,蛋白质总量 >200μg

细胞样品

细胞量>107

组织样品

动物、微生物组织湿重>10mg;植物鲜嫩组织>100mg

体液样品

血液体积>500μl

技术参考案例

[1]       Niemann M, Wiese S, et al. Mitochondrial outer membrane proteome of Trypanosoma brucei reveals novel factors required to maintain mitochondrial morphology. Mol Cell Proteomics. 2013; 12(2): 515-28.

[2]       Vanderschuren H, Nyaboga E, et al. Large-Scale Proteomics of the Cassava Storage Root and Identification of a Target Gene to Reduce Postharvest Deterioration. Plant Cell. 2014.

[3]       Cholewa BD, Pellitteri-Hahn MC, et al. Large-Scale Label-Free Comparative Proteomics Analysis of Polo-Like Kinase 1 Inhibition via the Small-Molecule Inhibitor BI 6727 (Volasertib) in BRAFV600E Mutant Melanoma Cells. J Proteome Res. 2014 Jun 9.


   
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