样品若是溶液样品，浓度及盐离子浓度合适，直接进行上机测试，不经处理。若是固体样品，直接溶解在20%ACN,0.1%FA,等易挥发试剂中，进行上机即可。

样品中是多糖位点，多种糖型时， 因为出峰较杂，规律性较差，无法进行去卷积。在MALDI-TOF的分子量测试时 ，因为含糖基之后的蛋白质在飞行管内的飞行路线会发生改变。所以导致检测分子量不准确，一般会偏小1-2万分子量。

出现不同的洗脱时间，可能由于肽段有异构化现象，分子量一样，但是极性不同，所以会出现洗脱时间有一定的差异。另外有些可能是由于肽段的丰度较高，洗脱时间过长，出现一定的拖尾现象。

适用于800-4000Da左右的小肽,太长的序列用MALDI-TOF的方法二级可能碎裂不太完全。

胰酶的使用量是蛋白质的1/50，在质谱上基本不会对蛋白质的肽段峰产生影响。

重复性较好，能通过和标准对照品一同实验来比较一致性，主要是判断出峰数量和出峰时间的一致性。最好是样品和对照品一同酶解，一同进行液相检测。如果中间隔较长时间，且不是同一批酶解，可能会出现细小的差别。主要是酶解较难控制。