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定量蛋白质组 • 4D DIA 蛋白质组

 

· 产品定义

4D-蛋白质组学是基于timsTOF Pro质谱仪,通过捕集离子淌度(TIMS)与同步累积连续碎裂(PASEF)扫描模式进行差异定量蛋白质组学研究。该技术核心是在传统3D分离(保留时间、质荷比、离子强度)基础上,增加肽段的碰撞截面积(CCS),实现第4维度(离子淌度)的分离检测。 4D-DIA蛋白质组学是基于timsTOF Pro离子淌度平台的DIA技术,通过数据非依赖采集-同步累积连续碎裂(diaPASEF)扫描模式进行差异定量蛋白质组学分析。将DIA技术与基于timsTOF Pro上的diaPASEF技术相结合,具有高扫描速度和高灵敏度优势的同时,外加第四维离子淌度分离,使DIA数据在采集时不牺牲窗口循环速度的同时,降低谱图复杂度和提高离子利用率,实现了蛋白质组学在覆盖深度、灵敏度、通量方面的全面性提升。

 

· 技术路线

技术路线

 

· 技术优势

1. 4D技术加持,更加适合微量样本;

2. 克服标记定量蛋白质组学技术在样本数量上的限制,灵活方便;

3. 采用布鲁克的timsTOF Pro质谱平台,检测速度提升近一倍。

 

· 数据分析

标准数据分析内容

鉴定分析

鉴定与定量结果统计;单个样本蛋白质鉴定结果统计;韦恩图

表达差异分析

差异结果统计;差异结果柱状图;火山图;聚类分析图;

多组的比较分析(组别>=3

mufzz聚类;雷达图;箱线图

功能分析

亚细胞定位;结构域分析;GO功能分析;KEGG通路分析;互作网络分析

质量控制分析

肽段离子质量偏差分布、肽段例子得分分布、蛋白质丰度比分布

高级数据分析

功能分析

GSEA富集分析

临床药物研究

药物靶点注释

标志物筛选

集成机器学习

与临床表征的联合分析

热图;弦图;ROC分析;WGCNA分析

关于个性化数据分析需求,请来电咨询

 

· 部分数据分析结果展示

 

· 推荐组合产品

大分子专属平台,质量与效率双重保障:4D-DIA + 4D-DIA磷酸化蛋白质组

 

· 推荐应用领域

1. 药物应答、基因敲除/过表达的蛋白表达谱分析

2. 植物、微生物生长发育与胁迫逆境生理研究

3. 疾病生物标志物与药物作用靶点高通量分析

4. 蛋白作用机制与特殊功能蛋白质筛选

5. 各种物种的蛋白质组草图构建

 

· 送样建议

样品类型

推荐样本量(新建Library

推荐样本量(不建Library

动物组织类

常规动物组织(脑、心、肝、脾、肺、肾、肌肉、皮肤等)

≥30mg

15mg

植物组织类

柔软组织(木本植物的叶、花等,草本科植物,藻类,蕨类植物,大型真菌等)

100mg

50mg

微生物类

菌类

50mg

20mg

细胞样品

悬浮/贴壁培养细胞

1 × 10^7

0.5 × 10^7

体液样本

血清/血浆

0.1ml

0.05ml

外泌体

血浆(未提取外泌体)

4ml

2ml

提取完成的外泌体

50μg

20μg

其他类

细胞上清

5ml

2ml

 

· 应用案例

       1. Unique DUOX2+ACE2+ small cholangiocytes are pathogenic targets for primary biliary cholangitis. Nature Communications. 2023

4D DIA技术确定原发性胆汁性胆管炎的致病靶点【客户文章】

       2. Reading and writing of mRNA m6A modification orchestrate maternal-to-zygotic transition in mice. Genome Biology. 2023

4D DIA技术探究mRNA m6A参与小鼠母体到合子的转变【客户文章】