定量蛋白质组 • 4D-DIA定量蛋白质组学

· 产品定义

4D-蛋白质组学是基于timsTOF Pro质谱仪，通过捕集离子淌度（TIMS）与同步累积连续碎裂（PASEF）扫描模式进行差异定量蛋白质组学研究。该技术核心是在传统3D分离（保留时间、质荷比、离子强度）基础上，增加肽段的碰撞截面积（CCS），实现第4维度（离子淌度）的分离检测。 4D-DIA蛋白质组学是基于timsTOF Pro离子淌度平台的DIA技术，通过数据非依赖采集-同步累积连续碎裂（diaPASEF）扫描模式进行差异定量蛋白质组学分析。将DIA技术与基于timsTOF Pro上的diaPASEF技术相结合，具有高扫描速度和高灵敏度优势的同时，外加第四维离子淌度分离，使DIA数据在采集时不牺牲窗口循环速度的同时，降低谱图复杂度和提高离子利用率，实现了蛋白质组学在覆盖深度、灵敏度、通量方面的全面性提升。

· 技术路线

技术路线

· 技术优势

1. 4D技术加持，更加适合微量样本；

2. 克服标记定量蛋白质组学技术在样本数量上的限制，灵活方便；

3. 采用布鲁克的timsTOF Pro质谱平台，检测速度提升近一倍。

· 数据分析

标准数据分析内容
鉴定分析	鉴定与定量结果统计；单个样本蛋白质鉴定结果统计；韦恩图
表达差异分析	差异结果统计；差异结果柱状图；火山图；聚类分析图；
多组的比较分析（组别>=3）	mufzz聚类；雷达图；箱线图
功能分析	亚细胞定位；结构域分析；GO功能分析；KEGG通路分析；互作网络分析
质量控制分析	肽段离子质量偏差分布、肽段例子得分分布、蛋白质丰度比分布
高级数据分析
功能分析	GSEA富集分析
临床药物研究	药物靶点注释
标志物筛选	集成机器学习
与临床表征的联合分析	热图；弦图；ROC分析；WGCNA分析
关于个性化数据分析需求，请来电咨询

部分数据分析结果展示

· 推荐组合产品

大分子专属平台，质量与效率双重保障：4D-DIA + 4D-DIA磷酸化蛋白质组

· 推荐应用领域

1. 药物应答、基因敲除/过表达的蛋白表达谱分析

2. 植物、微生物生长发育与胁迫逆境生理研究

3. 疾病生物标志物与药物作用靶点高通量分析

4. 蛋白作用机制与特殊功能蛋白质筛选

5. 各种物种的蛋白质组草图构建

· 送样建议(特殊样本可直接咨询021-5466-5263/400-066-6761)

样品类型		推荐样本量（新建Library）	推荐样本量（不建Library）
动物组织类	常规动物组织（脑、心、肝、脾、肺、肾、肌肉、皮肤等）	30mg-2g	15-2mg
植物组织类	柔软组织（木本植物的叶、花等，草本科植物，藻类，蕨类植物，大型真菌等）	100mg-2g	50mg-2g
微生物类	菌类	50mg-2g	20mg-2g
细胞样品	悬浮/贴壁培养细胞	1-10× 10^7	0.5-10× 10^7
体液样本	血清/血浆	0.1ml-0.2ml	0.05ml-0.2ml
外泌体	血浆（未提取外泌体）	4ml	2ml
外泌体	提取完成的外泌体	50μg	20μg
其他类	细胞上清	5ml-10ml	2ml-5ml

· 参考文献

1. Immune suppression in the early stage of COVID-19 disease. Nat Commun. 2020.

4D-DIA-人尿液-新冠病毒早期感染机制

2. diaPASEF: parallel accumulation–serial fragmentation combined with data-independent acquisition. Nat Methods. 2020.

4D-DIA技术原理介绍：diaPASEF