定量蛋白质组 • 4D-DIA定量蛋白质组学
· 产品定义
4D-蛋白质组学是基于timsTOF Pro质谱仪,通过捕集离子淌度(TIMS)与同步累积连续碎裂(PASEF)扫描模式进行差异定量蛋白质组学研究。该技术核心是在传统3D分离(保留时间、质荷比、离子强度)基础上,增加肽段的碰撞截面积(CCS),实现第4维度(离子淌度)的分离检测。 4D-DIA蛋白质组学是基于timsTOF Pro离子淌度平台的DIA技术,通过数据非依赖采集-同步累积连续碎裂(diaPASEF)扫描模式进行差异定量蛋白质组学分析。将DIA技术与基于timsTOF Pro上的diaPASEF技术相结合,具有高扫描速度和高灵敏度优势的同时,外加第四维离子淌度分离,使DIA数据在采集时不牺牲窗口循环速度的同时,降低谱图复杂度和提高离子利用率,实现了蛋白质组学在覆盖深度、灵敏度、通量方面的全面性提升。
· 技术路线
· 技术优势
1. 4D技术加持,更加适合微量样本;
2. 克服标记定量蛋白质组学技术在样本数量上的限制,灵活方便;
3. 采用布鲁克的timsTOF Pro质谱平台,检测速度提升近一倍。
· 数据分析
标准数据分析内容 |
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鉴定分析 |
鉴定与定量结果统计;单个样本蛋白质鉴定结果统计;韦恩图 |
表达差异分析 |
差异结果统计;差异结果柱状图;火山图;聚类分析图; |
多组的比较分析(组别>=3) |
mufzz聚类;雷达图;箱线图 |
功能分析 |
亚细胞定位;结构域分析;GO功能分析;KEGG通路分析;互作网络分析 |
质量控制分析 |
肽段离子质量偏差分布、肽段例子得分分布、蛋白质丰度比分布 |
高级数据分析 |
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功能分析 |
GSEA富集分析 |
临床药物研究 |
药物靶点注释 |
标志物筛选 |
集成机器学习 |
与临床表征的联合分析 |
热图;弦图;ROC分析;WGCNA分析 |
关于个性化数据分析需求,请来电咨询 |
部分数据分析结果展示
· 推荐组合产品
大分子专属平台,质量与效率双重保障:4D-DIA + 4D-DIA磷酸化蛋白质组
· 推荐应用领域
1. 药物应答、基因敲除/过表达的蛋白表达谱分析
2. 植物、微生物生长发育与胁迫逆境生理研究
3. 疾病生物标志物与药物作用靶点高通量分析
4. 蛋白作用机制与特殊功能蛋白质筛选
5. 各种物种的蛋白质组草图构建
· 送样建议(特殊样本可直接咨询021-5466-5263/400-066-6761)
样品类型 |
推荐样本量 (新建Library) |
推荐样本量 (不建Library) |
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动物组织类 |
常规动物组织(脑、心、肝、脾、肺、肾、肌肉、皮肤等) |
30mg-2g |
15-2mg |
植物组织类 |
柔软组织(木本植物的叶、花等,草本科植物,藻类,蕨类植物,大型真菌等) |
100mg-2g |
50mg-2g |
微生物类 |
菌类 |
50mg-2g |
20mg-2g |
细胞样品 |
悬浮/贴壁培养细胞 |
1-10× 10^7 |
0.5-10× 10^7 |
体液样本 |
血清/血浆 |
0.1ml-0.2ml |
0.05ml-0.2ml |
外泌体 |
血浆(未提取外泌体) |
4ml |
2ml |
提取完成的外泌体 |
50μg |
20μg |
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其他类 |
细胞上清 |
5ml-10ml |
2ml-5ml |
· 参考文献
1. Immune suppression in the early stage of COVID-19 disease. Nat Commun. 2020.
4D-DIA-人尿液-新冠病毒早期感染机制
2. diaPASEF: parallel accumulation–serial fragmentation combined with data-independent acquisition. Nat Methods. 2020.
4D-DIA技术原理介绍:diaPASEF