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MCP为DIA技术打call,制定出首版发表指导意见

2019-01-18
中科新生命
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2019年1月1日,MCP发表了一篇社论,题为“Initial Guidelines for Manuscripts Employing Data-independentAcquisition Mass Spectrometry for Proteomic Analysis”,为DIA(Data-independent Acquisition)技术打call!

MCP

社论链接:http://www.mcponline.org/content/18/1/1#ref-9

社论中提到:对于small scale的样本进行差异蛋白质组学比较分析时,标记定量是非常有效的检测方法。但进行大规模样本时(12个及以上),label-free定量方法是更加实际的选择。(原文:For small-scale comparisons, isotopic labeling, whether introducedmetabolically or chemically, is very effective and allows comparison ofmultiple samples mixed together. However, for comparing a larger number ofsamples (a dozen or more), label-free strategies are often the most practicaloption. Reproducible and accurate quantification of a large number of proteinand peptide analytes across a large panel of samples remains a singular goal ofthe proteomics field in general.

本次社论中介绍的DIA(Data-independentAcquisition)技术 —— 数据非依赖性采集模式,属于升级版的label-free定量蛋白质组学技术,就像MCP社论中提到的,DIA技术可提供全面的样本蛋白质及肽段信息,有效规避了DDA数据采集时遇到的重复性和覆盖度问题带来的局限性。

中科新生命

DIA技术的应用优势

(1) 疾病分型、品系研究:DIA具体高覆盖度和重现性,可减少扫描本身造成的数据丢失,获得最多有效数据用于分型研究;同时,可准确反映样本间蛋白表达的“有无差异”。

(2) 生物标志物发现:DIA具体高重现和稳定性,无需混合样本,可进行单样本独立分析,实现后期有效的统计分析和潜在标志物挑选。

(3) 构建生物样本库:DIA进行全扫描数据采集,可实现样本生物信息的完整保存,为后续的回溯分析提供保障。

为此,中科新生命特意在血液样本方面开发出独家的DIA应用产品,无需去除高丰度,无需前处理,即可在2h内获得>1000个蛋白!!!线性范围可跨越5-6个数量级。

详情可点击链接:

https://mp.weixin.qq.com/s/icw0L9seJmEaQ0s8LG6URw

MCP杂志是蛋白质组学领域杂志期刊的佼佼者,已经为DDA(Data-dependent MSMS analysis)技术、靶向蛋白质组学、糖组学/唐蛋白质组学[8]和临床蛋白质组学相关文章的发表给出了相应的指导意见。

中科新生命

到目前为止,MCP上已发表了多篇DIA-MS研究的相关报道。随着DIA技术的快速发展,为适应各位作者的需求,MCP杂志在2018年6月圣地亚哥召开的第66届美国质谱年会 (ASMS 2018)上协同数位DIA技术研究领域的大牛制定出该技术发表的首套指导意见,主要包括DIA重点方法、软件和相应仪器方面的内容。

DIA-MS guidelines —— Final Version

具体链接:http://www.mcponline.org/page/DIA-guidelines

主要分为:Experimental Section和Result Section,具体内容可以点开上述链接,这里仅列举主要目录:

Experimental Section

1. Experimental Design andStatistical Rationale:

(1) Data Acquisition

(2) Methods for DIA DataAnalysis

2. For Spectrum-Centric DIAAnalysis:

(1) Peak List Generation

(2) Search Engine

 3. For Peptide-Centric DIA Analysis

  (1) Spectral Libraries

     If the library was created as part of thisstudy:

     If a public library was used for dataanalysis:

     If predicted spectra were used:

     If the library contains decoys:

  (2) Matching of Data to Spectral Library

Results Section

 1. Peptide and Protein Reporting

 2. Quantification

 3. Data Submission to a public Repository

MCP杂志对DIA技术的如此重视,也预示着DIA技术具有广泛的应用前景。上海中科新生命建立好的DIA平台,到目前为止已运行接近一年,检测样本数超过1000例,具备了丰富的项目经验,是值得您选择的蛋白质组学合作伙伴。