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[MCP 5.912] 临床皮肤病的蛋白质组学研究——牛皮癣

2019-03-04
中科新生命
2545

Proteomics of skin proteins in psoriasis: from discovery and verification in a mouse model to confirmation in humans.

KC Lundberg,Y Fritz.Molecular & Cellular  Proteomics,2015,14(1):109-119

文献来源:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/25351201

研究背景:皮肤病是一种非常常见的慢性病,尤其统计发现,约2-3%的人群会患上牛皮癣这种由免疫反应介导的炎症性皮肤病,给病人的工作和生活带来极大的困扰。有研究证明,牛皮癣与抗原特异性的T淋巴细胞有关,但是参与其中的抗原并不为人所知。

样本来源:KC-Tie2牛皮癣小鼠模型

研究方法:基于LC MS/MS的Gel-Label free差异蛋白质组学

验证方法:qPCR,基于LC-MS/MS的Solution-Label-free同样的蛋白经过两次label-free结果,倍数有所不同哦,大家可以学习一下如果遇到这种情况时,应该如何挑选结果

研究结果:

1.筛选出模型鼠和正常鼠皮肤样本间的蛋白组变化情况。

图1

Workflow summaries for the gel based label-free discovery and verification of target proteins approaches.

2. 利用RT-PCR,在mRNA水平对几个重点关注的差异蛋白质:Serpinb3b,KLK6,StefinA1,Slc25a5,Rab18等,进行了表达量的检测,发现差异具有显著性。

图2

Candidate molecules identified from the gel-based label-free expression experiments are verified at the RNA level in control and KC-Tie2 mouse skin using qRT-PCR.

3. 利用临床上牛皮癣病人和正常人的皮肤样本(未展示),包括最初的角质细胞(见下图),对几个差异蛋白进行了表达差异的确证。

图3

Human psoriatic keratinocytes express higher levels of candidate gene transcripts compared with healthy control keratinocytes.

4. 最后利用免疫组织化学的方法,对几个差异蛋白在组织内的分布情况进行了检测,进一步确定了差异的存在。

图4

Candidate proteins identified from gel-based label-free expression analyses of KC-Tie2 mouse skin are increased in lesional psoriasis patient skin.

小编总结:

本文是一篇非常典型的利用蛋白质组学Label free技术发表在《Molecular & Cellular Proteomics》的文献。

DIscovery阶段,研究者先利用Gel-Labelfree差异蛋白质组学方法,筛到了4种蛋白:stefin A1 (fold change 342.4)、slc25a5 (fold change 46.2)、serpinb3b (fold change 35.6) 和 kallikrein related peptidase 6 (fold change 4.7)。

Verification阶段,验证方法一 —— qPCR,stefin A1 (fold change 7.3)、slc25a5 (fold change 1.5)、serpinb3b (fold change 17.4) 和 kallikrein related peptidase 6 (fold change 9)。

验证方法二——利用solution-Labelfree差异蛋白质组学方法验证,stefin A1 (fold change 29000)、slc25a5 (fold change 1.3) 和 kallikrein related peptidase 6 (fold change 322)。

这种利用疾病动物模型联合差异蛋白组的研究方法,对于进行疾病机制探究,并且筛选一些差异蛋白作为治疗靶点非常地高效和有意义。