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【客户文章 IF3.867】珍贵临床样本骨髓在急性白血病中的蛋白质组学研究

2019-02-13
中科新生命
2756

来自APT客户发表文章,所有实验及生信部分均在中科新生命完成。

Label-free quantitative proteomics reveals differentiallyexpressed proteins in high risk childhood acute lymphoblastic leukemia.

J Proteomics. 2017 Jan 6;150:1-8. doi: 10.1016/j.jprot.2016.08.014.Epub 2016 Aug 26

研究背景

急性淋巴细胞白血病(ALL)是最常见的儿童肿瘤,B-ALL是最常见的儿童ALL。病情危度分级对于制订化疗方案以及提高生存率至关重要。目前危度分级标准并不近如人意。本研究采用Label free比较蛋白质组学技术,筛选用于指示病情危度的生物标志物。

样本来源

患者骨髓,来源于 B-ALL low/medium risk group(L/MR, n=6) 、B-ALL high risk group(HR, n=6) 、 non-ALL group( n=6)

样本来源

研究结果 

1. 共鉴定到86个差异蛋白质;其中32个蛋白质在ALL患者骨髓样品中高表达,并且表达量HR组高于L/M组;另外54个蛋白质只在ALL患者样品中坚定到,且HR组的表达量高于L/M组;

根据GO功能注释结果,这些差异蛋白主要与蛋白质结合,代谢过程以及生物学调控等功能相关(Fig 1A,1B,1C)。

 对这86个蛋白进行蛋白质互作网络分析(PPI),结果显示其中35个蛋白质存在直接相互作用 (dPPI),并且形成了一个围绕Hsp90β,YBX1 和 DDX48的互作网络(Fig1D)。

鉴定蛋白质的GO功能分析

鉴定蛋白质的GO功能分析

2. 蛋白层面验证挑选出5个蛋白(Hsp90β, YBX1,DDX48, Hsp90α和Thrp3) 进行WB验证(Fig 2A,2B)。首先,在前期Labelfree分析的样品中进行WB验证,结果与Label free一致;进一步扩大样品量(14 L/MR 以及18 HR)验证,Hsp90β, YBX1, DDX48, Hsp90α和Thrp3同样在HR组高表达(Fig 2C)。

Label free筛选的差异蛋白进行后续验证

Label free筛选的差异蛋白进行后续验证

研究结论

1.   在高危B-ALL儿童患者中鉴定到86个差异表达的蛋白质,其中35个具有直接相互作用。

2.   采用Label free分析的相同标本对其中5个蛋白质进行了WB验证,并进一步扩大了验证样本量;证实这些异常表达的蛋白参与了mRNA拼接,DNA损伤修复以及应激反应。

3.   本研究为儿童B-ALL提供了新的信息,这些差异表达的蛋白有助于病情的准确分级,为新的治疗靶点的发现提供了有价值的线索。

小编心得

本文是一篇非常典型的利用蛋白质组学Label free技术发表在J Proteomics的文献,研究儿童B-ALL不同分级以及non-ALL组骨髓样品中的蛋白质差异表达,通过目前常见的一系列生信分析(GO注释和互作)以及验证手段(WB)获取可信度较高的特异性(或目标性)蛋白质,为进一步的研究打下基础。