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【完美碰撞】iTRAQ在植物保护方面的应用

2019-06-18
中科新生命
3305

经典蛋白质组学技术与常规蛋白质组学生物信息分析的完美碰撞

——比较分析苜蓿银纹夜蛾核型多角体病毒(AcMNPV)感染不同时期草地夜蛾细胞(Sf9)的蛋白质组

文献:Comparative proteomics analysis of Spodoptera frugiperda cells during Autographa californica multiple nucleopolyhedrovirus infection. Virol J. 2015; 12: 115.

文章摘要

杆状病毒(Baculovirus)是一类节肢动物特异的病毒,在农林领域常被用作微生物杀虫剂,其中研究最多且应用最广泛的是苜蓿银纹夜蛾核型多角病毒(AcMNPV)。AcMNPV能够感染一小部分鳞翅目昆虫,并且易于在草地夜蛾细胞系(Sf9)中繁殖。目前,AcMNPV基因组测序已经完成,但对于病毒感染过程中的宿主应答研究较少。

本研究利用蛋白质组学iTRAQ技术,比较AcMNPV感染不同时期(mock,6hpi和12hpi)Sf9细胞的蛋白质表达差异。研究一共鉴定到4009个蛋白质,其中413个是差异表达的蛋白质;利用生物信息学分析,对差异蛋白质进行了GO功能注释、KEGG信号通路注释以及蛋白质互作网络分析。该研究揭示了Sf9细胞在病毒感染不同时期的蛋白质表达变化,有助于病毒感染后宿主细胞应答以及病毒-宿主相互作用的机理研究,为优化杆状病毒的应用奠定了基础。

结果展示

1) GO功能注释

A

B

C




Fig. 1 GO terms distribution. GO terms distribution in the molecular functions (a), cellular component (b), and biological process (c). In (a), binding and catalytic activity were the most represented biological processes. In (b), the most represented categories were cell, followed by organelle. In (c), the most represented categories were metabolic process and cellular process.

2) KEGG信号通路注释


2

3) PPI蛋白质互作网络分析


Fig6

Fig.6 Protein-protein interaction networks. Network illustration of interactions among proteins from three groups of SF9 cells. Yellow spots: significantly differentially expressed proteins. Green spots: proteins that did not expressed differentially.

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