五重爆款组学礼包第五弹:基因表达与功能调控专场
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参考经典案例
案例1:肿瘤分型研究-转录组学+DIA
题目:Breast cancer classification based on proteotypes obtained by SWATH mass spectrometry
研究对象:乳腺癌组织
发表期刊:Cell Reports
影响因子:7.8
研究单位:马萨里克大学与瑞士苏黎世大学Ruedi Aebersold教授课题组
实验结论:通过SWATH(DIA)+转录组学技术研究,发现乳腺癌组织蛋白质亚型与常规分类亚型之间的一致性高达84%。并进一步揭示3种对分类贡献最大的关键蛋白质。
案例2:饮食限制与健康寿命研究-转录组学+非靶代谢组学
题目:Untangling determinants of enhanced health and lifespan through a multi-omics approach in mice
研究对象:小鼠肝脏组织
发表期刊:Cell Metabolism
影响因子:22
研究单位:美国国立卫生研究院、美国威斯康星大学麦迪逊分校
研究结论:通过代谢组和转录组联合分析,揭示寿命与健康调控关键是基因与代谢重塑,不同饮食模式与肝脏排毒的保护机制的适应和参与相关,并发现了潜在长寿相关途径Gly-Ser-Thr代谢.
案例3:油菜油量积累-转录组学+脂质组学
题目:Cellular plasticity in response to suppression of storage proteins in the brassica napus embryo
研究对象:油菜种胚
发表期刊:Plant Cell
影响因子:8.6
研究单位:德国莱布尼茨大学植物基因与作物研究所
实验结论:通过转录组测序、蛋白质组、脂质组、靶向代谢等多种组学技术,揭示过量的油质蛋白和卵磷脂诱导形成大的、含油质蛋白的质膜叠堆。这些堆叠的质膜取代了正常的液泡,并且不能贮藏脂质。
解读链接:Plant Cell:重大进展!高油油菜育种瓶颈有望突破!
案例4:玉米淀粉代谢中调控机制-转录+代谢
题目:Maize sugary enhancer1 (se1) is a gene affecting endosperm starch metabolism
研究对象:玉米胚乳
发表期刊:PNAS
影响因子:9.58
研究单位:美国威斯康星大学麦迪逊分校
实验结论:利用转录组学和代谢组学分析及后期验证分析,揭示了影响玉米甜味的关键机制——Se1基因损伤影响淀粉代谢,导致蔗糖和麦芽糖积累,从而影响玉米甜味。
解读链接:玉米甜味大揭秘!PNAS:胚乳基因突变影响淀粉代谢
中科新生命项目文献(部分)
[1] A complete route for biodegradation of potentially carcinogenic cyanotoxin microcystin-LR in a novel indigenous bacterium. Water Research. 2020; 17.【转录+蛋白,IF 7.9】
[2] Oral secretions from Mythimna separata insects specifically induce defence responses in maize as revealed by high-dimensional biological data. Plant Cell Environ. 2016; 1749-1766. 【转录组、代谢组、蛋白质组,IF 6.1】
[3] Cold-induced lipid dynamics and transcriptional programs in white adipose tissue. BMC Biol. 2019;17(1): 74. 【脂质组+转录组,IF 6.7】
[4] Integrated analysis of transcriptomic, miRNA and proteomic changes of a novel hybrid yellow catfish uncovers key roles for miRNAs in heterosis. Mol Cell Proteomics. 2019; 18(7): 1437-1453. 【转录组+miRNA+TMT+PRM,IF5.2】