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技能分享 | 代谢组发文原始数据怎么上传?戳这里

2021-05-07
中科新生命
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MetaboLights是欧洲生物信息学研究所(EMBL-EBI)第一个用于跨平台和跨物种代谢组学研究的通用、开放存取的数据库。MetaboLights是许多期刊的推荐代谢组学资料库。下面来分享一下代谢组学原始数据在MetaboLights(https://www.ebi.ac.uk/metabolights/)的上传方法。 下面来分享一下代谢组学原始数据在MetaboLights的上传方法。


01 MetaboLights账号申请
02 提示注册成功,去邮箱激活账号
03 登录。点击右上角“Login in”,进入登陆界面,输入账号密码登陆
04 创建文件,点击submit study
05 点create online
06 点create new study
07 Let’s get started
08 点 yes后再点绿色的next
09 study文件创建成功,点next
10 来到第二步上传文件,这里有2种上传方式,第一种更方便,点击Aspera Upload
11 弹出下面界面,先安装插件,点install plugin,根据提示安装IBM数据上传的插件,安装成功之后才可以进行上传
12 开始上传,点击upload files
13 弹出上传数据的选项框,同时选择要上传的数据
14 用IBM插件上传数据,如下所示,中途最小化插件界面并点击close不会中断传输,之后拉到页面最下方,点击绿色的next
15 填写study description信息,包含关键词、title、summary等,根据实际情况选择是否有manuscript
16 进入上面流程图中的最后一步:填写sample & assay details,下面的题目、作者、摘要、publication以及descriptors中的关键词和factors(如剂量)等根据实际情况填写
此网页下方的以下7项内容请根据实际情况填写:
17 方法包括样本收集、提取、色谱方法、质谱方法、数据转换、代谢物鉴定方法,请根据实际情况填写,示例如下:
18 填写sample里的内容,根据实际情况增加样本,填写样本名称、物种、样本类型等信息,示例如下。如果有factor(如性别、剂量等)也可以根据实际情况点击factor增加列数
19 进入assay填写界面,根据实际情况选择下面不同的选项,选完之后点击下方绿色按钮。注意:如果是POS和NEG模式都采集了请分别先选positive建立一个assay,再选择negative建立一个assay,也就是说有2个assay,色谱方法根据实际情况选择HILIC或者反向柱如C18
Assay创建成功后,拖动最下方进度条可以查看需要填写的内容,根据实际情况填写仪器类型、仪器型号、数据采集极性、scan range(在我司做的非靶代谢一般是60-1000 Da)、样本对应原始数据、对应derived数据等信息。
20 进入Metabolites填写,可以点击upload上传可自动识别的txt(EXCEL打开进行编写)文件File:m_MTBLS2788_LC-MS___metabolite_profiling-1_v2_maf.tsv进行批量填写,这个文件可在这个网页上下载下来然后填写关键信息:metabolites identification 即代谢物名称、mass to charge即m/z、retention time (RT)、Modification即adduct形式、各个样本对应的代谢物的定量值信息。也可以点击“compound search”一个一个进行添加但是相对麻烦。此步骤有疑问可以观看本文最下面的视频链接进观看,填写示例如下:
21 最后一步study validations,不能有红色的Errors报错信息,如果有报错请根据提示回到对应位置进行填写,之后点击refresh刷新(有时会有几十秒的延迟)。
22 确认无误后,根据自己项目是否完成选择”Submitted”或者“In Curation”,之后点击“OK”
23 点击绿色的时间按钮,选择数据释放的时间
24 回到主界面点击用户名,之后点击“My Studies”可以查看之前上传的数据
25 在“Validation“后显示绿色的对号时,说明数据上传成功了。
官方教学视频链接

https://www.ebi.ac.uk/metabolights/help