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深度空间代谢组学常见Q&A(五)| 离子峰数

2022-07-28
中科新生命
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各位看官大家好!新一期空间代谢组Q&A又来了!在上一期中,我们介绍了空间代谢组学中的分辨率。这一期,我们将为大家介绍说明空间代谢组学中的离子峰数量问题。


1.     空间代谢组和传统LC-MS代谢组的离子峰数有什么差别?

一般情况下提到的空间代谢组学离子峰数,是分析整张切片过程中所有被检测到的离子峰数量。空间代谢组图像中的每个像素点由质谱成像系统独立检测产生,所以每个像素点都会有自己的代谢组信息,选择不同的区域(像素集)会对应不同的离子峰数量。而传统的LC-MS代谢组,一个样本上机检测到离子峰数量是固定的,两者所有区别。


2.     输出的离子峰数量是否是越多越好?

不是,尽管检测到的离子峰数量是评价空间代谢结果的重要指标,但空间代谢组学检测中很大一部分离子峰源自噪音和离子碎片,该类峰没有实际意义,属于无效峰,所以单纯计算总离子峰数量没意义,属于冗余信息需要过滤处理。

图1-1.png

图 无效离子峰对应分子成像图

3 .    如何过滤掉无效峰?

深度空间代谢组学基于质谱成像数据主流分析软件MetaboscapeTM对数据集进行了过滤。其主要处理判断原则是代谢物在组织和细胞中会存在丰度差异,但分布应该具有普遍性。所以判断一个离子峰是否有效,可以考虑其在整个区域中的分布、信号强度等信息,并建立阈值进行筛选。经过数据过滤处理,我们得以确保交付项目结果中均是有效离子峰的成像图,从而避免老师们在数据分析时产生误导。

图3.png

图 某实测项目在不同阈值下离子峰数展示


4.     深度空间代谢组过滤之后的离子峰数量是否符合分析要求?

目前深度空间代谢在过滤掉大量低质量无效峰后,仍然表现了出优异的通量。根据组织类型不同,过滤后的离子峰数最高近3000个,平均约1800个,是您值得信赖的空间代谢组学分析产品。

 

小结:空间代谢组学的数据是一种高维数据集,由大量空间坐标和代谢组数据构成,相当于数万个样本进行代谢组学数据分析,不可避免会产生冗余离子峰信息,所以评价和使用数据前,不仅要评价离子峰的数量,同时更要考虑离子峰质量。