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终于找到你 | 挑选差异蛋白攻略大全

2017-09-07
中科新生命
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前两天,我们主要讲了P值得计算方法以及差异蛋白质的筛选标准,那么问题又来了:

费了老大的劲找出的蛋白,我们如何能够快速分辨哪个就是真的差异蛋白呢?有不少客户也经常苦恼我验证不出怎么办呢?现在不用愁了,看完这篇攻略,让您快速找到“心仪”的差异蛋白!

攻略1

选择与研究相关的蛋白

做研究要“有意义”,发文章要“讲故事”。选择与研究相关的蛋白进行后续验证和分析是首要标准,这个“相关”就要我们各位小伙伴们根据前期的数据积累、文献调研和经验去判断了哦!

攻略2

选择GO/KEGG富集到的差异蛋白

如果没有特别感兴趣的蛋白,可以重点关注GO和KEGG富集到的相关条目/通路涉及的差异蛋白,这种蛋白可能对实验处理最敏感,最相关,分析起来也更有意义。

攻略3

选择有文献支持的蛋白

有文献报道的蛋白更容易讲故事展开讨论,如果发现文献中还有描述与筛选到的差异蛋白一致的表达趋势,那就赶紧把它加入到你的小本本里,因为这样的蛋白更可能是“真的”差异蛋白,被验证成功的概率也会很高!

攻略4

选择唯一肽段数多的蛋白

蛋白的定量值大多来源于肽段定量的中位数,参与定量的肽段数量越多,蛋白定量的准确度就越高。所以,在允许的情况下要尽量选择肽段数量多的蛋白进行后续验证。如果选择的差异蛋白只有一段唯一肽,说明只有一段肽段参与了定量,定量的误差可能会比较大。

攻略5

选择差异倍数大p值较小的蛋白

差异倍数越大,说明蛋白可能受处理的影响越大;p值越小,说明重复间的数据一致性越好,差异越是显著。这样的蛋白被验证出来的概率也就越大。

攻略6

选择平行较好的蛋白

您的实验一般都会有重复设置吧,建议挑选在不同重复中表达趋势一致的蛋白验证。如果同样的蛋白质在不同的组别中有着千差万别的表达,那这个蛋白质也太调皮,这样的蛋白太不靠谱啦!

是不是这些实用小技巧都很贴心呢,希望您一直关注,我们的服务也会一直很贴心。做蛋白组学,代谢组学选择中科新生命一定没错!