分辨率降了几百倍，为什么还是看不清一个细胞？聊聊空间转录组最大的误区
2026-11-11
中科新生命多组学服务
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Xenium 是 10x Genomics 于 2022 年 12 月发布的原位空间生物学平台，凭借亚细胞分辨率与高灵敏度，四年间已成为成像式空间转录组的行业标杆；
Atera 则是 10x Genomics 于 2026 年 4 月 18 日在 AACR 年会上发布的下一代旗舰平台，首次在全转录组尺度（18,000+ 基因）上同时做到单细胞灵敏度与大视野高通量。
两者基于同源的化学原理（挂锁探针 + 滚环扩增 + 多轮荧光解码），检测特异性同源、数据可交叉验证——但产品定位截然不同：Xenium 不是被 Atera 替代，而是与它组成"发现→验证"双平台组合。
平台没有绝对优劣，只有与课题目标的匹配度。
选平台，本质是在选“发文的底气”。下面用已发表的高分文献说明：Xenium 为什么是审稿人公认的验证利器，Atera 为什么值得抢先布局。
（一）Xenium：高分文献中的“验证利器”
Xenium 自 2022 年底发布以来，已在多个顶级期刊研究中承担关键角色，其技术可靠性经过了独立第三方评测，这是它作为“验证平台”最硬的背书。
从这些研究可以看出 Xenium 在发文中的三个核心价值：
1、“发现—验证”范式的标准验证工具：单细胞测序/空间转录制发现候选基因与细胞亚群后，用 Xenium 在单细胞分辨率组织原位下复现，证据链完整，审稿人接受度高；
2、支持定制探针（每 Panel 可加 100 个自定义基因），可对关注基因、突变位点等“论文里最关键的分子”做空间定位；
3、与 RNAscope、多重免疫荧光等正交验证技术兼容性成熟，多项高分文章均采用“Xenium + 独立样本 FISH/蛋白验证”的组合设计。
（二）Atera：抢先做，能带来什么发文优势
Atera独立评测来自斯坦福大学团队 2026 年 8 月发表于 bioRxiv 的研究[4]，该研究在人乳腺导管原位癌（DCIS）样本上首次对 Atera 进行了系统评估：
1. 灵敏度全面领先；
2. 首次在单细胞空间分辨率下推断拷贝数变异（CNV）并重建肿瘤克隆演化，这是首个将空间组学克隆推断与 DNA 测序直接交叉验证的工作；
3. 发现靶向 Panel 遗漏的稀有免疫细胞状态；
中科新生命提供 Xenium 与 Atera 双平台技术服务，覆盖从实验设计、拼片方案定制、样本制备与质控、上机检测到数据解读的全流程；并可依托 MALDI 2 空间代谢组学平台以及空间蛋白平台，将空间转录组、空间蛋白组与空间代谢组数据整合分析，为课题提供“基因—蛋白—代谢”多维度证据链。
中科新生命 Atera 空间原位检测首批项目预订通道现已开放：
首批名额有限，按预订顺序锁定排期；
早鸟预订可享受专属优惠与优先技术支持（具体权益请咨询）；
[1] Kukanja P, Langseth CM, Rubio Rodríguez-Kirby LA, et al. Cellular architecture of evolving neuroinflammatory lesions and multiple sclerosis pathology[J]. Cell, 2024, 187(8): 1990-2009.e19. DOI: 10.1016/j.cell.2024.02.030.
[2] MARCO SALAS S, KUEMMERLE L B, MATTSSON-LANGSETH C, et al. Optimizing Xenium In Situ data utility by quality assessment and best-practice analysis workflows. Nat Methods. 2025 Apr;22(4):813-823. doi: 10.1038/s41592-025-02617-2.
[3] JOHNSON K F, DONG X, TSAI Y H, et al. Mapping mesenchymal diversity in the developing human intestine and organoids. bioRxiv [Preprint]. Nat Cell Biol. 2026 Aug;28(8):1758-1770. doi: 10.1038/s41556-026-02027-2.
[4] WU S, MAHAJAN M, VAN DER LINDE M, et al. Resolving the immune response across clonal cancer evolution in situ with Atera whole transcriptome profiling. bioRxiv [Preprint]. 2026 Aug 21. doi: 10.64898/2026.08.03.741871.
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关于中科新生命
上海中科新生命生物科技有限公司（APTBIO）创立于 2004 年，由原中国科学院上海生命科学研究院蛋白质组研究中心孵化而来，是国内质谱多组学应用领域的开拓者。公司以 “AI + 质谱多组学” 双核驱动创新，构建智能化组学生态。拥有自主知识产权的质谱检测平台与 AI 大数据分析系统，聚焦科技服务、生物医药及大健康消费三大领域，为全球科研机构、医院、药企提供从基础研究到临床转化的一站式解决方案。融合多组学技术与人工智能，围绕生物标志物发掘、药物靶点筛选及个性化诊疗等方向，构建具有国际竞争力的组学数据库与算法模型，推动转化医学进程，加速创新药物研发，成为推动生命科学数字化升级的核心引领者。
