HPLC肽图检查法，胰酶的自切峰会不会出现在肽谱图上？ 2023-05-17 胰酶的使用量是蛋白质的1/50，在质谱上基本不会对蛋白质的肽段峰产生影响。
全序列检测适用多少氨基酸的小肽？ 2023-05-17 适用于800-4000Da左右的小肽,太长的序列用MALDI-TOF的方法二级可能碎裂不太完全。
HPLC质量肽图，同一肽段出现不同的洗脱时间？ 2023-05-17 出现不同的洗脱时间，可能由于肽段有异构化现象，分子量一样，但是极性不同，所以会出现洗脱时间有一定的差异。另外有些可能是由于肽段的丰度较高，洗脱时间过长，出现一定的拖尾现象。
是否所有蛋白质都适合质谱法C端测序？ 2023-05-17 不是所有的蛋白质都能进行质谱法C端测序，首先要有理论序列。其次，有些蛋白没有合适的酶来切到合适的片段，切到的肽段太大（25个氨基酸以上）或太短（7个氨基酸以下），都不太适合质谱检测，那么找到C端肽段的机会会很小。
硫键检测不到的原因？ 2023-05-17 1. 样品中的理论配对方式的可能含量很低，或者酶切之后的肽段量低于质谱检测线，所以无法被质谱检测器检测到。
2. 样品中存在理论配对方式不符的状况，无法和理论的配对方式进行匹配。
3. 质谱检测对肽段分子量大小有限制。一般M/Z比值在300-1800之间，且容易被离子化的片断才能被检测到。所以某些酶切之后肽段过小或者过大，或者肽段离子化效率很低，质谱无法进行检测。
为什么做空间转录组？ 2025-05-14 下图A和B是两个肿瘤的切片A样本存在淋巴细胞浸润现象，预后效果良好，而B样本淋巴细胞被肿瘤组织阻碍在肿瘤边缘，预后效果差，如果只是通过常规转录组或者单细胞转录组，研究人员在两个样本中均可以发现淋巴细胞相关基因或者淋巴细胞群，无法解释两个样本预后之间的差异，但是通过空间转录组，就可以清晰看到两个样本之间的差异。
10x Visium空间转录组是否需要做生物学重复？ 2025-05-15 建议做生物学重复，只做一个样本，无法判断结果是否是真实情况，建议临床样本5个及以上重复，模型动物建议3个及以上重复，由于10xV1版本每张芯片有4个捕获区域，建议实验设计的样本数量为4的倍数，否则需要凑样或承担空片费用，10x V2（CytAssist）和10x Visium HD两个空间转录组产品每张芯片均有两个捕获区域，实验的数量为偶数个样本即可。
液氮速冻后包埋可以做空间转录吗？ 2025-05-15 需要先做切片、RIN值检验，确定样本RNA质量，样本切面无冰晶（成功率极低），质检合格后才能进行空间转录组实验，不建议取样后液氮直接速冻组织，因为液氮的沸点很低，温差可能导致组织表面沸腾，从而引起组织鼓泡和不均匀冻结，这可能会造成组织破裂和形态损伤，并且后续的切片中会有很多冰晶，使细胞完全变形而无法使用，因此，新鲜组织建议采用异戊烷法包埋或直接干冰法OCT包埋。
10x Visium的V1版本和V2版本和HD版本（CytAssist）、和stereo-seq空间转录组产品如何选择？ 2025-05-15 人和小鼠样本做空间转录组推荐选择V2和HD版本（基于高灵敏的探针法和CytAssist仪器），如果老师的样本组织比较小或者老师关注的区域范围比较小，推荐老师选择高分辨率的HD空转进行实验，成像更清晰。其他物种样本推荐V1版本或者stereo-seq空间转录组，基于polyA的捕获方式进行空间转录组检测实验，老师的样本比较大（尺寸超过6.5mm*6.5mm推荐stereo-seq空间转录组，最大可以做到13cm*13cm的面积）。
CytAssist平台样本数量、质量要求降低后，结果是否准确？ 2025-05-15 CytAssist平台匹配升级后的试剂，小鼠样本设计约20000个基因的探针，人样本设计约18000个基因的探针，其中约90%的基因设计了3对探针，提高基因捕获的灵敏性和准确性，并且整体实验环节缩短，节省样本数量，基因检出率会更高，成像更清晰。
