下图A和B是两个肿瘤的切片A样本存在淋巴细胞浸润现象，预后效果良好，而B样本淋巴细胞被肿瘤组织阻碍在肿瘤边缘，预后效果差，如果只是通过常规转录组或者单细胞转录组，研究人员在两个样本中均可以发现淋巴细胞相关基因或者淋巴细胞群，无法解释两个样本预后之间的差异，但是通过空间转录组，就可以清晰看到两个样本之间的差异。
建议做生物学重复，只做一个样本，无法判断结果是否是真实情况，建议临床样本5个及以上重复，模型动物建议3个及以上重复，由于10xV1版本每张芯片有4个捕获区域，建议实验设计的样本数量为4的倍数，否则需要凑样或承担空片费用，10x V2（CytAssist）和10x Visium HD两个空间转录组产品每张芯片均有两个捕获区域，实验的数量为偶数个样本即可。
需要先做切片、RIN值检验，确定样本RNA质量，样本切面无冰晶（成功率极低），质检合格后才能进行空间转录组实验，不建议取样后液氮直接速冻组织，因为液氮的沸点很低，温差可能导致组织表面沸腾，从而引起组织鼓泡和不均匀冻结，这可能会造成组织破裂和形态损伤，并且后续的切片中会有很多冰晶，使细胞完全变形而无法使用，因此，新鲜组织建议采用异戊烷法包埋或直接干冰法OCT包埋。
人和小鼠样本做空间转录组推荐选择V2和HD版本（基于高灵敏的探针法和CytAssist仪器），如果老师的样本组织比较小或者老师关注的区域范围比较小，推荐老师选择高分辨率的HD空转进行实验，成像更清晰。其他物种样本推荐V1版本或者stereo-seq空间转录组，基于polyA的捕获方式进行空间转录组检测实验，老师的样本比较大（尺寸超过6.5mm*6.5mm推荐stereo-seq空间转录组，最大可以做到13cm*13cm的面积）。
CytAssist平台匹配升级后的试剂，小鼠样本设计约20000个基因的探针，人样本设计约18000个基因的探针，其中约90%的基因设计了3对探针，提高基因捕获的灵敏性和准确性，并且整体实验环节缩短，节省样本数量，基因检出率会更高，成像更清晰。
a. 组织处理过程中避免直接接触液氮，组织直接接触液氮会引起沸腾，导致样本制备效果不佳甚至失败；b. 异戊烷在液氮中放置不宜过久，否则异戊烷会凝固无法完成组织速冻；c. 冷冻包埋盒先做标记，确定包埋盒中的样本名称，包埋后组织呈白色，无法看清组织方向；d. 组织放入包埋剂时建议目标切面朝下，方便后续切片时寻找目标切面；e. 整个包埋过程避免气泡出现，至少保证组织周边没有气泡；f. 运输保存时注意组织块密封，避免组织脱水，影响组织形态
样本组织过小、过薄（FFPE组织切片不到5μm，FF样本组织切片低于10μm）、凹凸不平、贴玻片时容易发生脱片的样本，不建议进行实验。
切片质检+正式实验，预计需要5-10张切片（其他质检染色+1-3张正式实验），如果样本本身比较小（＜6.5mmx6.5mm），则需要更多的样本量（一般10-20张切片）进行质检。
HE染色(动物组织/人源样本)和番茄固绿（植物组织，甲苯胺蓝染色需提前沟通）。
看客户需求，如果需要，可以切一张切片，快染一张HE给到客户来确定需要的区域，实验人员会切后面的一张切片贴在正式芯片上，时效性比较强，需要客户尽快确认截面能能否上机，10xCytAssist仪器方法做HE和正式上机的样本切片是同一张切片，所以建议老师选择V2或者HD的空间转录组产品。
