常见问题

a. 组织处理过程中避免直接接触液氮，组织直接接触液氮会引起沸腾，导致样本制备效果不佳甚至失败；b. 异戊烷在液氮中放置不宜过久，否则异戊烷会凝固无法完成组织速冻；c. 冷冻包埋盒先做标记，确定包埋盒中的样本名称，包埋后组织呈白色，无法看清组织方向；d. 组织放入包埋剂时建议目标切面朝下，方便后续切片时寻找目标切面；e. 整个包埋过程避免气泡出现，至少保证组织周边没有气泡；f. 运输保存时注意组织块密封，避免组织脱水，影响组织形态

样本组织过小、过薄（FFPE组织切片不到5μm，FF样本组织切片低于10μm）、凹凸不平、贴玻片时容易发生脱片的样本，不建议进行实验。

切片质检+正式实验，预计需要5-10张切片（其他质检染色+1-3张正式实验），如果样本本身比较小（＜6.5mmx6.5mm），则需要更多的样本量（一般10-20张切片）进行质检。

HE染色(动物组织/人源样本)和番茄固绿（植物组织，甲苯胺蓝染色需提前沟通）。

看客户需求，如果需要，可以切一张切片，快染一张HE给到客户来确定需要的区域，实验人员会切后面的一张切片贴在正式芯片上，时效性比较强，需要客户尽快确认截面能能否上机，10xCytAssist仪器方法做HE和正式上机的样本切片是同一张切片，所以建议老师选择V2或者HD的空间转录组产品。

由于样本之间存在异质性，特别是人源样本，建议所有的样本都做透化测试（尤其是临床样本，异质性较强），模式动物和植物可以选部分样本做透化测试，至少一种组织类型设置一个透化优化实验。人和小鼠样本建议选择基于探针捕获的方式做空转，不需要透化步骤。

可以，已完成过胃癌、食管癌、小鼠心脏、肾穿刺等样本的拼片实验，但需要和客户说明在数据分析时可以把每一个样本进行单独的分析，但是原始数据无法拆分，且组织不宜超过2mm*2mm，这样操作会提高叠片风险。

一般不建议拼片。 1. 拼片的情况分三种： a，样本包埋阶段，就把相同类型的样本包埋在同一平面，这点对样本要求比较苛刻，需要样本足够重，可以在包埋盒中不会随意移动位置； b，包埋的时候单独包埋，但是在样本贴片过程中，进行手动拼片； c，同一样本连续切片进行3D建模，由于样本较小，会进行拼片处理。 2，单个样本拼片时，单个大小最好不要超过2.5mm*2.5mm,因为在切片过程中，不可能只切到样本而不保留周围的包埋剂，所以包埋剂也会占一点空间位置，如果样本尺寸在3mm*3mm以上了，有可能导致样本超过捕获框或出现叠片情况。

FF样本在实验过程中会有进行cDNA质检，由于样本类型不同，跑出来的峰值也不同，基本上在600-1100以内视为正常，如果RIN值≤6说明样本本身有严重降解问题，不建议进行后续实验。新鲜样本文库的峰值在460bp左右，石蜡样本文库峰值在250bp左右。

官方推荐的数据量是25K reads/spots，如果是肿瘤组织等基因表达丰富的样本，可以视情况考虑多测一些数据