常见问题

由于样本之间存在异质性，特别是人源样本，建议所有的样本都做透化测试（尤其是临床样本，异质性较强），模式动物和植物可以选部分样本做透化测试，至少一种组织类型设置一个透化优化实验。人和小鼠样本建议选择基于探针捕获的方式做空转，不需要透化步骤。

可以，已完成过胃癌、食管癌、小鼠心脏、肾穿刺等样本的拼片实验，但需要和客户说明在数据分析时可以把每一个样本进行单独的分析，但是原始数据无法拆分，且组织不宜超过2mm*2mm，这样操作会提高叠片风险。

一般不建议拼片。 1. 拼片的情况分三种： a，样本包埋阶段，就把相同类型的样本包埋在同一平面，这点对样本要求比较苛刻，需要样本足够重，可以在包埋盒中不会随意移动位置； b，包埋的时候单独包埋，但是在样本贴片过程中，进行手动拼片； c，同一样本连续切片进行3D建模，由于样本较小，会进行拼片处理。 2，单个样本拼片时，单个大小最好不要超过2.5mm*2.5mm,因为在切片过程中，不可能只切到样本而不保留周围的包埋剂，所以包埋剂也会占一点空间位置，如果样本尺寸在3mm*3mm以上了，有可能导致样本超过捕获框或出现叠片情况。

FF样本在实验过程中会有进行cDNA质检，由于样本类型不同，跑出来的峰值也不同，基本上在600-1100以内视为正常，如果RIN值≤6说明样本本身有严重降解问题，不建议进行后续实验。新鲜样本文库的峰值在460bp左右，石蜡样本文库峰值在250bp左右。

官方推荐的数据量是25K reads/spots，如果是肿瘤组织等基因表达丰富的样本，可以视情况考虑多测一些数据

10x Genomics公司已经测试完毕的组织类型有 人：心脏、肾脏、卵巢、淋巴结、大脑、大肠、肺、脾脏、肝癌、乳腺癌、鼻黏膜（息肉）、甲状腺癌、前列腺癌、胆囊癌、食管癌、囊胚、喉癌、胶质瘤 小鼠：大脑、眼睛、心脏、肾脏、大肠、肝脏、肺、卵巢、四头肌、小肠、脾脏、胃、睾丸、甲状腺、舌头 大鼠：大脑、肾脏、心脏

FF样本：正常的胰腺（人/小鼠都不建议）、骨头、软骨、椎间盘、脂肪组织，血管； FFPE样本（人/小鼠）：骨（切片困难）、软骨、脂肪（可尝试上CytAssist仪器）、正常胰腺（可尝试上CytAssist仪器）

这类组织在冷冻包埋时难保持其原本的形态结构，很难调整到合适的位置以保证切片时切到感兴趣的截面。可以先拿组织多进行一些冷冻包埋和切片的预实验，提高正式样本的成功率，如果眼睛组织老师不关注晶状体的基因，建议摘除晶状体后进行包埋展开实验。

胰腺组织属于相比较困难的组织，可在以下环节注意：样本收集：将收取到的新鲜样本放到加入0.01%胰蛋白酶抑制剂的无钙镁的PBS中，新鲜的样本包埋要快，取样时注意剔除脂肪组织；按照标准进行样本收集和透化后，质检结果合格（RNA值＞6），透化未出现无荧光的现象，说明mRNA未被胰腺中的酶全部降解，可以进行后续实验。

不能，玻片是一次性耗材，实验流程中包含玻片染色、冲洗、重新干燥等多个步骤，这些步骤会破坏未使用的捕获区域上的寡核苷酸条形码，并降低其整体的灵敏度，同理，空间基因表达玻片有四个捕获区域，也只能使用一次。