细胞活性过低时,细胞内的 RNA 可能会游离出细胞,发生降解,从而得到的数据无法准确反映每个细胞样品内转录本的表达情况,影响基因检出。因此如果老师细胞数目及细胞情况实在无法满足要求,需要事先了解风险再决定是否上机。
可以做,但是有风险。cell counter 计数最佳细胞浓度在5×105~1×106细胞左右,如果细胞数过低,很有可能会存在计数不准确的情况,我们就无法较准确得到细胞浓度 从而进行上样,这会影响后续实际细胞检出数目;另外,实验前需要清洗细胞2次,每次损失至少25%,而且细胞计数2次也会损失一定细胞,太少量无法进行操作。
标记效率官方是65%。实际项目中,如果悬液质量比较好、活性高、杂质少,标记效率甚至高于65%。标记上的细胞多,那么拿到的细胞肯定也多,但是也会有另一个问题,就是单个细胞的数据量少了,所以在实际项目中需要平衡。
成熟的红细胞转单细胞转录组没有研究实际意义,由于红细胞不包含核糖体,其RNA序列主要由血红蛋白基因 (HBB)组成,这些序列对于我们研究其他细胞的基因表达没有太多意义,因此会降低其他细胞的RNA测序效率。(骨髓未成熟的红细胞是可行的,未成熟红细胞含有细胞核,裂红处理的时候基本不会有细胞损伤)。
单细胞V(D)J是针对人和小鼠的T淋巴细胞或B淋巴细胞的产品,因此只要您的物种是人或小鼠,样本中含有B/T细胞(建议比例高于10%,或上机前样本进行T/B细胞富集处理)即可,比如肿瘤样本、PBMC样本、分选的B/T细胞等。
腹水最长8h内运输至实验室展开单细胞实验,2-8℃运输至APT,距离比较远建议上门,PBMC是提取好的细胞悬液,直接进行单细胞实验,或细胞冻存液冻存运输至APT实验室,复苏后评估细胞质量,满足上机要求后可进行单细胞测序实验。
主要看物种和疾病类型,小鼠组织相对成果率高,胰腺样本取出后尽可能洗干净组织表面的酶,有条件可自行采购胰腺组织保护液。甲状腺按照常规组织处理即可。
可能会造成某类细胞凋亡或者某类细胞过表达的情况,这是因为组织离体后细胞解离过程中可能有应激反应,一些病毒细菌感染的细胞在解离过程也会发生快速死亡。老师介意可推荐做空间转录组。
有的,需要的脂肪组织量要多一些,棕色脂肪相比较白色脂肪成功率会高一些,棕色脂肪的转录信息相对丰富一些。最少需要两个黄豆粒大小,人的样本相对容易解离成功,小鼠脂肪抽核容易降解,需要的量也会相对较大。
可以做的,确认客户关注的细胞类型,免疫细胞还是神经类细胞,关注免疫细胞解离单细胞悬液,需要200mg以上样本量
如果关注神经元类细胞建议抽核,样本量至少需要2-3个小鼠海马体大小,为保障实验顺利可多送备选样本。