常见问题

深度空间代谢组学的原始数据通过SCILSTM Lab软件处理。SCILSTM Lab是由Bruker公司针对空间代谢组学数据特点而开发的商业化质谱成像分析软件。该软件很好地解决了传统数据处理中，涉及空间和高维代谢组信息整合时，难以准确展现真实分子层面的变化的痛点。目前该软件被广泛使用，堪称分析利器。

一般情况下提到的空间代谢组学离子峰数，是分析整张切片过程中所有被检测到的离子峰数量。空间代谢组图像中的每个像素点由质谱成像系统独立检测产生，所以每个像素点都会有自己的代谢组信息，选择不同的区域（像素集）会对应不同的离子峰数量。而传统的LC-MS代谢组，一个样本上机检测到离子峰数量则是固定的

不是，尽管检测到的离子峰数量是评价空间代谢结果的重要指标，但空间代谢组学检测中很大一部分离子峰源自噪音和离子碎片，该类峰没有实际意义，属于无效峰，所以单纯计算总离子峰数量没意义，属于冗余信息需要过滤处理。

深度空间代谢组学基于质谱成像数据主流分析软件MetaboscapeTM对数据集进行了过滤。其主要处理判断原则是代谢物在组织和细胞中会存在丰度差异，但分布应该具有普遍性。所以判断一个离子峰是否有效，可以考虑其在整个区域中的分布、信号强度等信息，并建立阈值进行筛选。经过数据过滤处理，我们得以确保交付项目结果中均是有效离子峰的成像图，从而避免老师们在数据分析时产生误导。

目前深度空间代谢在过滤掉大量低质量无效峰后，仍然表现了出优异的通量。根据组织类型不同，过滤后的离子峰数最高近3000个，平均约1800个，是您值得信赖的空间代谢组学分析产品。

深度空间代谢组学主要应用：1.从空间维度揭示组织和细胞群体的代谢异质性；2.原位研究细胞亚群及特定微环境代谢特征；3.靶向分析特定代谢物分子/药物在组织中的代谢情况。

小分子数据库: 3万+本地非靶数据库; H650靶向功能数据库; HMDB数据库; KEGG数据库; 2万+植物非靶数据库; 中药数据库；脂质数据库: lipidsearch 170万+脂质分子数据库; metaboscape脂质数据库。

由于存在遗传和环境因素的影响，个体间会存在差异，因此实验设计需要引入生物学重复消除该差异。近年来，单细胞测序文章对生物学重复的要求也越来越高，例如临床样本，其异质性很高，建议每组尽量保证5个样本的生物学重复。而动物模型的样本也尽量保证每组3个生物学重复。

目前，对单细胞悬液需要先进行质检和计数，一般要求细胞数目≥5万，细胞存活率≥ 80%，将检测合格的细胞经洗涤、重悬制备成合适的细胞浓度500~1200 cells/ul，细胞尺径：5 um ≤ X ≤ 40um，细胞背景干净。以备进行10x Genomics Chromium™ X系统上机操作。

中科新生命搭建10×Genomics最新的单细胞仪器平台Chromium X有16个通道，每个通道单次最多可以捕获2万个单细胞。通常每个样本捕获6K-1w的细胞数目就可以基本满足实验分析需求。是否需要捕获更大的细胞量，需要根据老师实验目的来决定。

如果有明确研究方向或者目标细胞群，细胞分选可以提高分辨率，得到更精确的亚群分析，比如免疫细胞占比很高的骨髓，想要关注到基质细胞，可以采用去除免疫细胞的方式分选细胞进行单细胞测序。现阶段公司可提供磁珠分选CD45+细胞（美天旎），如果客户有更高要求，可自己使用流式细胞仪或其它方式先对特定细胞类型进行分选，同时预约上门实验进行单细胞捕获细胞。根据研究目的选择是否进行细胞分选。