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定量蛋白质组 • 4D-label free定量蛋白质组学

· 产品定义

4D-label free蛋白质组学是基于timsTOF Pro离子淌度平台的非标记定量蛋白组学技术,通过数据依赖性采集-同步累积连续碎裂(ddaPASEF)扫描模式进行差异定量蛋白质组学分析。该技术是对传统label free蛋白质组学的升级,其核心是将数据依赖采集(DDA)与同步累积连续碎裂(PASEF)相结合,外加第四维度的离子淌度分离(基于肽段的碰撞截面积CCS),提高离子利用率和准确度,以更少上样量、更快扫描速度,实现蛋白质组学在覆盖深度、灵敏度、通量方面的全面性提升。

 

· 技术路线

技术路线

 

· 技术优势

1. 4D技术加持,更加适合微量样本

2. 可用于不同物种间的“有无差异蛋白”比较

3. 无标记定量蛋白质组学中的倍数压缩

4. 克服标记定量蛋白质组学技术在样本数量上的限制,灵活方便

5. 采用布鲁克的timsTOF Pro/Pro2质谱平台,检测速度提升近一倍

 

· 数据分析

标准数据分析内容

鉴定分析

鉴定与定量结果统计;单个样本蛋白质鉴定结果统计;韦恩图

表达差异分析

差异结果统计;差异结果柱状图;火山图;聚类分析图;

多组的比较分析(组别>=3

mufzz聚类;雷达图;箱线图

功能分析

亚细胞定位;结构域分析;GO功能分析;KEGG通路分析;互作网络分析

质量控制分析

肽段离子质量偏差分布、肽段例子得分分布、蛋白质丰度比分布

高级数据分析

功能分析

GSEA富集分析

临床药物研究

药物靶点注释

标志物筛选

集成机器学习

与临床表征的联合分析

热图;弦图;ROC分析;WGCNA分析

关于个性化数据分析需求,请来电咨询

 

· 推荐组合产品

组学“黄金”联合:4D-label free + 4D-label free磷酸化蛋白质组

 

· 推荐应用领域

1. 药物应答、基因敲除/过表达的蛋白表达谱分析

2. 植物、微生物生长发育与胁迫逆境生理研究

3. 疾病生物标志物与药物作用靶点高通量分析

4. 蛋白作用机制与特殊功能蛋白质筛选

5. 各种物种的蛋白质组草图构建

6. 适合临床微量样本检测,如:外泌体、FFPE石蜡切片、活检穿刺组织等

 

· 送样建议(特殊样本可直接咨询021-5466-5263/400-066-6761)

样品类型

推荐样本量

(新建Library

推荐样本量

(不建Library

动物组织类

常规动物组织(脑、心、肝、脾、肺、肾、肌肉、皮肤等)

30mg-2g

15-2mg

植物组织类

柔软组织(木本植物的叶、花等,草本科植物,藻类,蕨类植物,大型真菌等)

100mg-2g

50mg-2g

微生物类

菌类

50mg-2g

20mg-2g

细胞样品

悬浮/贴壁培养细胞

1-10× 10^7

0.5-10× 10^7

体液样本

血清/血浆

0.1ml-0.2ml

0.05ml-0.2ml

外泌体

血浆(未提取外泌体)

4ml

2ml

提取完成的外泌体

50μg

20μg

其他类

细胞上清

5ml-10ml

2ml-5ml

 

·  参考文献

1. A blood atlas of COVID-19 defines hallmarks of disease severity and specificity.Cell.2022

利用4D蛋白组学技术、单细胞测序等多种组学技术,系统分析不同严重程度的 COVID-19患者的多组学血液图谱,并与流感和败血症患者与健康志愿者进行综合比较分析

2. Synergistically Bifunctional Paramagnetic Separation Enables Efficient Isolation of Urine Extracellular Vesicles and Downstream Phosphoproteomic Analysis. ACS Appl Mater Interfaces. 2021.

4D-Labelfree蛋白组联合4D磷酸化蛋白组学分析前列腺癌患者和健康个体尿液外囊泡,找到一系列疾病相关的磷酸化蛋白,表明其在临床研究中的巨大应用潜力