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定量蛋白质组 • 4D Label free 蛋白质组

 

· 产品定义

4D Label free蛋白质组学是基于timsTOF Pro离子淌度平台的非标记定量蛋白组学技术,通过数据依赖性采集-同步累积连续碎裂(ddaPASEF)扫描模式进行差异定量蛋白质组学分析。该技术是对传统Label free蛋白质组学的升级,其核心是将数据依赖采集(DDA)与同步累积连续碎裂(PASEF)相结合,外加第四维度的离子淌度分离(基于肽段的碰撞截面积CCS),提高离子利用率和准确度,以更少上样量、更快扫描速度,实现蛋白质组学在覆盖深度、灵敏度、通量方面的全面性提升。

 

· 技术路线

技术路线

 

· 技术优势

1. 4D技术加持,更加适合微量样本

2. 可用于不同物种间的“有无差异蛋白”比较

3. 无标记定量蛋白质组学中的倍数压缩

4. 克服标记定量蛋白质组学技术在样本数量上的限制,灵活方便

5. 采用布鲁克的timsTOF Pro/Pro2质谱平台,检测速度提升近一倍

 

· 数据分析

标准数据分析内容

鉴定分析

鉴定与定量结果统计;单个样本蛋白质鉴定结果统计;韦恩图

表达差异分析

差异结果统计;差异结果柱状图;火山图;聚类分析图;

多组的比较分析(组别>=3

mufzz聚类;雷达图;箱线图

功能分析

亚细胞定位;结构域分析;GO功能分析;KEGG通路分析;互作网络分析

质量控制分析

肽段离子质量偏差分布、肽段例子得分分布、蛋白质丰度比分布

高级数据分析

功能分析

GSEA富集分析

临床药物研究

药物靶点注释

标志物筛选

集成机器学习

与临床表征的联合分析

热图;弦图;ROC分析;WGCNA分析

关于个性化数据分析需求,请来电咨询

 

· 推荐组合产品

组学“黄金”联合:4D-label free + 4D-label free磷酸化蛋白质组

 

· 推荐应用领域

1. 药物应答、基因敲除/过表达的蛋白表达谱分析

2. 植物、微生物生长发育与胁迫逆境生理研究

3. 疾病生物标志物与药物作用靶点高通量分析

4. 蛋白作用机制与特殊功能蛋白质筛选

5. 各种物种的蛋白质组草图构建

6. 适合临床微量样本检测,如:外泌体、FFPE石蜡切片、活检穿刺组织等

 

· 送样建议

样品类型

推荐样本量(新建Library

动物组织类

常规动物组织(脑、心、肝、脾、肺、肾、肌肉、皮肤等)

≥15mg

植物组织类

柔软组织(木本植物的叶、花等,草本科植物,藻类,蕨类植物,大型真菌等)

≥50mg

微生物类

菌类

≥20mg

细胞样品

悬浮/贴壁培养细胞

≥0.5 × 10^7

体液样本

血清/血浆

≥0.5ml

外泌体

血浆(未提取外泌体)

≥2ml

提取完成的外泌体

≥20μg

其他类

细胞上清

≥2ml

 

· 应用案例

       1. Extracellular vesicles from organoid-derived human retinal progenitor cells prevent lipid overload-induced retinal pigment epithelium injury by regulating fatty acid metabolism. Journal of Extracellular Vesicles .2023.

4D Label free器官源性人视网膜祖细胞的细胞外泡通过调节脂肪酸代谢预防脂质过负荷诱导的视网膜色素上皮损伤【客户文章】

       2. Using patient-derived organoids to predict locallyadvanced or metastatic lung cancer tumor response : A real-world study. Cell Reports Medicine.2023

4D Label free技术助力类器官预测局部晚期或转移性肺癌肿瘤反应【客户文章】

       3. The application of proteomics and metabolomics to reveal the molecular mechanism of Nutmeg-5 in ameliorating cardiac fibrosis following myocardial infarction. Phytomedicine. 2023

4D Labelfree蛋白组学+非靶向代谢组学揭示肉豆蔻-5改善心肌梗死后心肌纤维化的分子机制【客户文章】