定量蛋白质组 • 4D-label free定量蛋白质组学
· 产品定义
4D-label free蛋白质组学是基于timsTOF Pro离子淌度平台的非标记定量蛋白组学技术，通过数据依赖性采集-同步累积连续碎裂（ddaPASEF）扫描模式进行差异定量蛋白质组学分析。该技术是对传统label free蛋白质组学的升级，其核心是将数据依赖采集（DDA）与同步累积连续碎裂（PASEF）相结合，外加第四维度的离子淌度分离（基于肽段的碰撞截面积CCS），提高离子利用率和准确度，以更少上样量、更快扫描速度，实现蛋白质组学在覆盖深度、灵敏度、通量方面的全面性提升。
· 技术路线
· 技术优势
1. 4D技术加持，更加适合微量样本
2. 可用于不同物种间的“有无差异蛋白”比较
3. 无标记定量蛋白质组学中的倍数压缩
4. 克服标记定量蛋白质组学技术在样本数量上的限制，灵活方便
5. 采用布鲁克的timsTOF Pro/Pro2质谱平台，检测速度提升近一倍
· 数据分析
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标准数据分析内容 |
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鉴定分析 |
鉴定与定量结果统计；单个样本蛋白质鉴定结果统计；韦恩图 |
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表达差异分析 |
差异结果统计；差异结果柱状图；火山图；聚类分析图； |
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多组的比较分析（组别>=3） |
mufzz聚类；雷达图；箱线图 |
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功能分析 |
亚细胞定位；结构域分析；GO功能分析；KEGG通路分析；互作网络分析 |
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质量控制分析 |
肽段离子质量偏差分布、肽段例子得分分布、蛋白质丰度比分布 |
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高级数据分析 |
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功能分析 |
GSEA富集分析 |
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临床药物研究 |
药物靶点注释 |
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标志物筛选 |
集成机器学习 |
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与临床表征的联合分析 |
热图；弦图；ROC分析；WGCNA分析 |
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关于个性化数据分析需求，请来电咨询 |
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· 推荐组合产品
组学“黄金”联合：4D-label free + 4D-label free磷酸化蛋白质组
· 推荐应用领域
1. 药物应答、基因敲除/过表达的蛋白表达谱分析
2. 植物、微生物生长发育与胁迫逆境生理研究
3. 疾病生物标志物与药物作用靶点高通量分析
4. 蛋白作用机制与特殊功能蛋白质筛选
5. 各种物种的蛋白质组草图构建
6. 适合临床微量样本检测，如：外泌体、FFPE石蜡切片、活检穿刺组织等
· 送样建议(特殊样本可直接咨询021-5466-5263/400-066-6761)
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样品类型 |
推荐样本量 （新建Library） |
推荐样本量 （不建Library） |
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动物组织类 |
常规动物组织（脑、心、肝、脾、肺、肾、肌肉、皮肤等） |
30mg-2g |
15-2mg |
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植物组织类 |
柔软组织（木本植物的叶、花等，草本科植物，藻类，蕨类植物，大型真菌等） |
100mg-2g |
50mg-2g |
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微生物类 |
菌类 |
50mg-2g |
20mg-2g |
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细胞样品 |
悬浮/贴壁培养细胞 |
1-10× 10^7 |
0.5-10× 10^7 |
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体液样本 |
血清/血浆 |
0.1ml-0.2ml |
0.05ml-0.2ml |
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外泌体 |
血浆（未提取外泌体） |
4ml |
2ml |
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提取完成的外泌体 |
50μg |
20μg |
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其他类 |
细胞上清 |
5ml-10ml |
2ml-5ml |
· 参考文献
1. A blood atlas of COVID-19 defines hallmarks of disease severity and specificity.Cell.2022
利用4D蛋白组学技术、单细胞测序等多种组学技术，系统分析不同严重程度的 COVID-19患者的多组学血液图谱，并与流感和败血症患者与健康志愿者进行综合比较分析
2. Synergistically Bifunctional Paramagnetic Separation Enables Efficient Isolation of Urine Extracellular Vesicles and Downstream Phosphoproteomic Analysis. ACS Appl Mater Interfaces. 2021.
4D-Labelfree蛋白组联合4D磷酸化蛋白组学分析前列腺癌患者和健康个体尿液外囊泡，找到一系列疾病相关的磷酸化蛋白，表明其在临床研究中的巨大应用潜力