微生物测序 • 扩增子测序(18S/ITS/16S)
· 产品定义
扩增子测序是指对16S rDNA/18S rDNA/ITS/功能基因等特定区段PCR产物进行高通量测序,突破传统微生物不可培养的缺点,获得环境样本中的微生物群落结构、进化关系以及微生物与环境相关性等信息。
· 技术路线
· 技术优势
1. 样本处理经验丰富:粪便、内容物、土壤、水体、淤泥、发酵物等样本
2. 测序灵活:多种测序策略,可满足16S/18S/ITS不同高变区域的研究需求
3. 平台优、数据质量高:基于优质的Illumina NovaSeq测序平台,数据质量高
4. 分析内容丰富:可选择与各种代谢组学产品进行组学联合分析
· 数据分析
· 部分数据分析结果展示
· 推荐组合产品
1. 16S+代谢组:环境/宿主表型变化的微生物互作研究
2. 16S+宏基因组:环境/宿主微生物群落结构和功能潜能研究
3. 16S+代谢组+转录组:宿主和微生物的协调响应机制研究
· 推荐应用领域
1. 生理/病理机制:肠道/口腔/皮肤/生殖等微生物群落的影响机制
2. 植物共生胁迫:土壤根际微生物与植物的互作机制
3. 精准医学:肠道微生物及多组学疾病标志物
4. 药物研发:基于肠道微生物作用机制的药物研发
5. 环境能源:环境、土壤、水体微生物群落研究
· 送样建议(特殊样本可直接咨询021-5466-5263/400-066-6761)
· 项目案例
文献名称:Depression and anxiety in patients with active ulcerative colitis: crosstalk of gut microbiota, metabolomics and proteomics
发表期刊:《Gut Microbes》(IF=10.245)
合作单位:江苏省中医院
文章摘要:溃疡性结肠炎(UC)患者通常并发精神障碍,肠道微生物群失衡和代谢紊乱被认为在UC或精神障碍中起重要作用,然而其多组学特征仍然知之甚少。在这项前瞻性观察性研究中纳入240名中国人群,使用16S rRNA测序、液相色谱/质谱分析了人群的肠道菌群、血清代谢组和蛋白质组;并研究了候选代谢物对结肠炎小鼠抑郁样行为的预防作用。总体上,58%的活动性UC患者患有抑郁症,50%患有焦虑症。与无抑郁/焦虑的UC患者相比,有抑郁/焦虑的UC患者的粪便微生物群落丰富度和多样性较低,乳酸杆菌属、月形单胞菌属、链球菌属和肠球菌属较多,而普氏菌属_9和毛螺菌属较少。大多数代谢物(例如,甘鹅去氧胆酸盐)在血清中增加,而少数代谢物(包括2′-脱氧-D-核糖和L-哌啶酸)减少,伴随着免疫球蛋白的普遍减少,并且这些变化的细菌、代谢物和蛋白高度相关。预防性给药2′-脱氧-D-核糖和L-哌啶酸可显著降低结肠炎小鼠的抑郁样行为,并减轻其结肠、血液和大脑中的炎性细胞因子水平。本研究确定了一个与活动性UC患者抑郁和焦虑相关的综合多组学网络,它由一组特定的肠道微生物群、代谢物和蛋白质组成,它们是UC和抑郁/焦虑患者临床干预的潜在目标。