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修饰蛋白定量分析 • 4D-DIA磷酸化蛋白质组学

 

· 产品定义

蛋白质磷酸化修饰(Phosphorylation)是生物体内最重要的共价修饰方式之一,是目前分布最多、也是最广泛研究的修饰,其发生过程是在激酶(kinase)催化下,将ATP的磷酸根基团转移到蛋白的氨基酸(SerTyrThr)侧链上。蛋白质的磷酸化和去磷酸化这一可逆过程调节着包括细胞增殖、发育、分化、信号转导、细胞凋亡、神经活动、肌肉收缩及肿瘤发生等过程在内的所有生命活动。发生磷酸化修饰的氨基酸上共价连接磷酸基团,其分子质量会增加79.97Da。利用质谱可测定分子量是否发生79.97Da的质量偏移,从而检测磷酸化修饰肽段及位点。

4D-DIA磷酸化蛋白质组采用IMAC富集策略提升S/T/Y磷酸化修饰肽段数量,基于数据非依赖采集(Data-Independent AcquisitionDIA)技术,无偏向性采集质谱扫描范围内所有信号。同时,在4D质谱仪(布鲁克timsTOF Pro/Pro2质谱仪)检测时,增加离子淌度分离,可有效区分修饰同分异构多肽,极大提高修饰的鉴定深度及准确性。

 

· 技术路线

技术路线

                    

· 技术优势

1. 全扫描模式:数据非依赖性采集模式,大大减少高丰度干扰,全面采集高低丰度信号,数据覆盖度提高近40%;

2. 提供激酶-药靶分析,助力客户进行激酶药靶发现;

3. 磷酸化蛋白质组技术经验丰富,助力客户发表超60文章;

4. 系统解决方案——提供修饰组学至验证、上下游联合分析,实现快捷一站式服务

 

· 数据分析

标准数据分析内容

鉴定分析

鉴定与定量结果统计;单个样本蛋白质鉴定结果统计;韦恩图

表达差异分析

差异结果统计;差异结果柱状图;火山图;聚类分析图;

功能分析

亚细胞定位;结构域分析;GO功能分析;KEGG通路分析;互作网络分析

质量控制分析

肽段离子质量偏差分布、肽段例子得分分布、蛋白质丰度比分布

高级数据分析

激酶-药靶分析

激酶注释、激酶—底物关系分析、激酶活性分析、激酶药物靶点注释、GSEA分析激酶介导的关键信号通路、激酶树注释

功能分析

GSEA富集分析

临床药物研究

药物靶点注释

与临床表征的联合分析

ROC分析;WGCNA分析

关于个性化数据分析需求,请来电咨询

 

· 推荐组合产品

1. 4D-DIA蛋白质组 + 4D-DIA磷酸化蛋白质组;

2. 高通量检测+验证一站式解决方案:4D-DIA磷酸化蛋白质组+PRM磷酸化

 

· 推荐应用领域

医学方向

·   临床大队列样本分析,如肿瘤、心血管等重大疾病精准分型

·   生物样本信息库构建:DIA可实现生物信息的完整保存,为后续回溯分析提供保障

·   疾病发生发展机制研究

·   疾病激酶靶点发现

·   药理、毒理、基因作用机制研究

农学方向

·   作物群体性状等大规模样本研究,如育种品系、胁迫干预等

·   植物、微生物生长发育与胁迫逆境生理研究

 

· 送样建议

样品类型

推荐送样量

动物组织类

常规动物组织(脑、心、肝、脾、肺、肾、肌肉、皮肤等)

75mg

植物组织类

柔软组织(木本植物的叶、花等,草本科植物,藻类,蕨类植物,大型真菌等)

250mg

细胞样品

悬浮/贴壁培养细胞

3×10^7

微生物类

菌类

120mg

 

· 应用案例

       1. Evolution of enhanced innate immune evasion by SARS-CoV-2. Nature. 2021

DIA蛋白质组及DIA磷酸化蛋白质组学揭示新冠病毒如何逃避人体免疫系统

       2. Data-Independent Acquisition-based global phosphoproteomics reveal the diverse roles of Casein kinase 1 in plant development. Science Bulletin. 2023

DIA磷酸化蛋白质组全面揭示I型酪蛋白激酶CK1在植物发育中的功能

       3. Proteomics of resistance to Notch1 inhibition in acute lymphoblastic leukemia reveals targetable kinase signatures Nature Communications.2021

DIA蛋白质组+DIA磷酸化助力发现T-ALL白血病新药靶