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修饰蛋白定量分析 • 4D Label free磷酸化修饰蛋白质组学

 

· 产品定义

蛋白质磷酸化修饰(Phosphorylation)是生物体内最重要的共价修饰方式之一,是目前分布最多、也是最广泛研究的修饰,其发生过程是在激酶(kinase)催化下,将ATP的磷酸根基团转移到蛋白的氨基酸(SerTyrThr)侧链上。蛋白质的磷酸化和去磷酸化这一可逆过程调节着包括细胞增殖、发育、分化、信号转导、细胞凋亡、神经活动、肌肉收缩及肿瘤发生等过程在内的所有生命活动。发生磷酸化修饰的氨基酸上共价连接磷酸基团,其分子质量会增加79.97Da。利用质谱可测定分子量是否发生79.97Da的质量偏移,从而检测磷酸化修饰肽段及位点。

4D Label free磷酸化蛋白质组基于布鲁克timsTOF Pro质谱仪,通过数据依赖性采集-同步累积连续碎裂(ddaPASEF)扫描模式进行差异磷酸化蛋白质组学分析。4D Label free修饰组,利用了离子淌度分离,能根据分子的形状、截面积属性,可有效区分修饰同分异构多肽,极大提高修饰的鉴定深度,以更少上样量、更快扫描速度,实现蛋白质组学在覆盖深度、灵敏度、通量方面的全面性提升。

 

· 技术路线

4D label free磷酸化蛋白质组技术路线

                  

· 技术优势

1. 4D质谱仪加持,提高定量的准确性、鉴定深度,更加适合微量样本;

2. 提供激酶-药靶分析,助力客户进行激酶药靶发现;

3. 磷酸化蛋白质组技术经验丰富,助力客户发表超60文章;

4. 系统解决方案——提供修饰组学至验证、上下游联合分析,实现快捷一站式服务

 

· 数据分析 

标准数据分析内容

鉴定分析

鉴定与定量结果统计;单个样本蛋白质鉴定结果统计;韦恩图

表达差异分析

差异结果统计;差异结果柱状图;火山图;聚类分析图;

功能分析

亚细胞定位;结构域分析;GO功能分析;KEGG通路分析;互作网络分析

质量控制分析

肽段离子质量偏差分布、肽段例子得分分布、蛋白质丰度比分布

高级数据分析

激酶-药靶分析

激酶注释、激酶—底物关系分析、激酶活性分析、激酶药物靶点注释、GSEA分析激酶介导的关键信号通路、激酶树注释

功能分析

GSEA富集分析

临床药物研究

药物靶点注释

与临床表征的联合分析

ROC分析;WGCNA分析

关于个性化数据分析需求,请来电咨询

 

· 推荐组合产品

1. 蛋白质组+磷酸化组:表达+修饰检测,全面剖析机体调控网络

2. 磷酸化组+代谢组:打通机体表型-机制研究通路

3. 磷酸化组+O-GlcNAc:修饰crosstalk/竞争性修饰

 

· 推荐应用领域

1. 疾病发生发展机制研究

2. 疾病激酶靶点发现;

3. 药理、毒理、基因作用机制研究

4. 植物、微生物生长发育与胁迫逆境生理研究。

 

· 送样建议

 样品类型

推荐送样量

动物组织类

常规动物组织(脑、心、肝、脾、肺、肾、肌肉、皮肤等)

30mg

植物组织类

柔软组织(木本植物的叶、花等,草本科植物,藻类,蕨类植物,大型真菌等)

100mg

细胞样品

悬浮/贴壁培养细胞

1.5×10^7

微生物类

菌类

50mg

 

· 应用案例

       1. Low-Dose Sorafenib Acts as a Mitochondrial Uncoupler and Ameliorates Nonalcoholic Steatohepatitis. 2020. Cell Metabolism. (IF 29.0)

DIA蛋白组、Label free磷酸化蛋白质组等多组学发现低剂量索拉菲尼可改善非酒精性脂肪肝炎并揭示其作用机制

       2. The P2RY12 receptor promotes VSMC-derived foam cell formation by inhibiting autophagy in advanced atherosclerosis.2020. Autophagy.IF 13.3)

Label free磷酸化蛋白质组助力研究动脉粥样硬化的潜在治疗靶标

       3. Breviscapine alleviates NASH by inhibiting TGF-β-activated kinase 1-dependent signaling. 2022. Hepatology (IF 13.5)

转录组测序+Label free蛋白质组+Label free磷酸化蛋白质组揭示灯盏花素减轻NASH的分子机理