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修饰蛋白定量分析 • 泛素化蛋白质组

 

· 产品定义

泛素(ubiquitin, Ub)是一种由 76 个氨基酸组成的分子量约8.5 kDa 的小分子蛋白质, 广泛存在于所有真核细胞中。蛋白泛素化(Ubiquitination)指泛素在一系列酶的催化作用下共价结合到靶蛋白赖氨酸(LysK)上的过程。蛋白泛素化可调节细胞稳定性,泛素 - 蛋白酶体系统(UPS)是细胞内绝大多数蛋白质降解的主要方式之一。蛋白质泛素化参与细胞增殖、凋亡、内吞、免疫等各种生物调控过程。胰酶酶切后,在发生泛素化修饰的赖氨酸将保留连接两个甘氨酸残基(G)的结构,使分子量产生114.1Da的质量偏移。利用质谱可准确测定分子量是否发生114.1Da的质量偏移,从而检测泛素化修饰肽段及位点

4D Label free泛素化蛋白质组是基于timsTOF Pro质谱仪,通过数据依赖性采集-同步累积连续碎裂(ddaPASEF)扫描模式进行泛素化蛋白质组学分析。4D Label free修饰组,利用了离子淌度分离,能根据分子的形状、截面积属性,可有效区分修饰同分异构多肽,极大提高修饰的鉴定深度,以更少上样量、更快扫描速度,实现蛋白质组学在覆盖深度、灵敏度、通量方面的全面性提升。

 

· 技术路线

 泛素化蛋白质组技术路线

                  

· 技术优势

1. 4D技术加持,提高定量的准确性、鉴定深度,更加适合微量样本;

2. 基于质谱平台(Bruker timsTOF pro),检测速度提升近一倍;

3. 采用进口金标抗体,数据结果稳定可靠;

4. 助力客户发表多篇文章

 

· 数据分析

标准数据分析内容

鉴定分析

鉴定与定量结果统计;单个样本蛋白质鉴定结果统计;韦恩图

表达差异分析

差异结果统计;差异结果柱状图;火山图;聚类分析图;

功能分析

亚细胞定位;结构域分析;GO功能分析;KEGG通路分析;互作网络分析

质量控制分析

肽段离子质量偏差分布、肽段例子得分分布、蛋白质丰度比分布

高级数据分析

功能分析

GSEA富集分析

临床药物研究

药物靶点注释

标志物筛选

集成机器学习

与临床表征的联合分析

ROC分析;WGCNA分析

关于个性化数据分析需求,请来电咨询

 

· 推荐组合产品

蛋白表达水平全面解析:转录组+蛋白组+泛素化组。

 

· 推荐应用领域

1. 植物发育与抗逆;

2. 感染与免疫研究;

3. 衰老再生及退行性疾病。

 

· 送样建议

 样品类型

推荐送样量

动物组织类

常规动物组织(脑、心、肝、脾、肺、肾、肌肉、皮肤等)

75mg

植物组织类

柔软组织(木本植物的叶、花等,草本科植物,藻类,蕨类植物,大型真菌等)

250mg

细胞样品

悬浮/贴壁细胞

2×10^7

微生物类

菌类

150mg

 

· 应用案例

       1. RING‐box proteins regulate leaf senescence and stomatal closure via repression of ABA transporter gene ABCG40. 2022. Journal of Integrative Plant Biology(IF 11.4)

泛素化蛋白质组揭示RING-box蛋白通过抑制ABA转运蛋白基因ABCG40调节叶片衰老和气孔关闭

       2. Ubiquitylome study reveals the regulatory effect of α-lipoic acid on ubiquitination of key proteins in tryptophan metabolism pathway of pig liver. 2023. International Journal of Biological Macromolecules (IF 8.2)

蛋白质组+泛素化蛋白质组揭示α-硫辛酸对猪肝色氨酸代谢途径中关键蛋白泛素化的调控作用

       3. Ubiquitin-modified proteome analysis of Eriocheir sinensis hemocytes during Spiroplasma eriocheiris infection. 2022. Fish & Shellfish Immunology (IF 4.7)

蛋白质组+泛素化蛋白质组揭示绒螯螺感染中华绒螯蟹血细胞的蛋白质和泛素修饰特征