修饰蛋白定量分析 • 酪氨酸硝基化
· 产品定义
酪氨酸硝基化(Tyrosine nitration)是一种氧化性翻译后修饰,指的是在强氧化应激条件下,酪氨酸(Y)残基的芳香环3位碳(邻位)被一个硝基(–NO₂)取代,生成3-硝基酪氨酸(3-nitrotyrosine)。它在体内由一氧化氮衍生的活性氮(RNS)介导,包括过氧亚硝酸(ONOO⁻)和二氧化氮(•NO₂)。铁(Fe)、铜(Cu)和锰(Mn)等具有氧化还原活性的过渡金属可以积极参与生物系统中的酪氨酸硝基化过程,因为它们能够催化活性氧和活性氮。酪氨酸硝基化即可以通过酶催化,也可以通过非酶催化产生。
由于酪氨酸硝基化可通过改变蛋白带电荷、极性、疏水性、蛋白质构象、相互作用、聚集倾向及阻断磷酸化(与酪氨酸磷酸化竞争)等影响蛋白质功能,因此已被报道在多种病理状态中发挥调控作用。酪氨酸硝基化,已被报道在多种病理过程中发挥作用,包括肿瘤、心血管疾病、神经退行性疾病、急性肺损伤、急性胰腺炎、原发性胆汁性肝硬化和病毒感染等疾病。
· 技术路线
使用特异性酪氨酸硝基化基序抗体富集修饰肽段,富集后的肽段使用Astral高端质谱仪进行DIA模式的检测。亮氨酰化修饰导致酪氨酸(Y)分子质量会相应增加44.985Da,数据库搜索时,根据分子质量偏移,锁定酪氨酸硝基化修饰肽段及位点。
· 数据分析
标准数据分析内容 |
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鉴定分析 |
鉴定与定量结果统计;单个样本蛋白质鉴定结果统计;韦恩图 |
差异表达分析 |
差异结果数量统计;差异结果柱状图;火山图;聚类分析图; |
功能分析 |
亚细胞定位、结构域分析;GO功能分析、KEGG通路分析;互作网络分析、转录因子分析、激酶分析、WGCNA分析 |
关于个性化数据分析需求,请来电咨询 |
· 推荐组合产品
1. 蛋白质组+酪氨酸硝基化蛋白质组
2. 酪氨酸硝基化蛋白质组+酪氨酸磷酸化组
· 推荐应用领域
1. 生理病理过程中的酪氨酸硝基化分子特征分析
2. 疾病分子机制挖掘
· 送样建议
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样本类型 |
推荐送样量 |
动物组织类 |
常规柔软组织:动物心脏、肝脏、脾脏、肾脏、肺、肠、脑组织等 |
≥100mg |
植物组织类 |
植物根、茎、叶、果实等 |
≥1g(根和果实适当多送一些) |
细胞样品 |
悬浮/贴壁培养细胞 |
≥5×10^7 |
微生物类 |
真菌菌体 |
≥1.5g |
细菌菌体 |
≥200 mg |
· 参考文献
[1] Griswold-Prenner I, Kashyap AK, Mazhar S, Hall ZW, Fazelinia H, Ischiropoulos H. Unveiling the human nitroproteome: Protein tyrosine nitration in cell signaling and cancer. J Biol Chem. 2023;299(8):105038.
[2] Datta S, Nabeel Asim M, Dengel A, Ahmed S. NTpred: a robust and precise machine learning framework for in silico identification of Tyrosine nitration sites in protein sequences. Brief Funct Genomics. 2024;23(2):163-179.