免疫多肽组学产品是一类以MHC（主要组织相容性复合体）呈递肽组为直接检测对象，整合样本制备、质谱采集、数据库检索/De Novo解析、抗原性与免疫原性预测、可视化报告的闭环分析系统或服务包，用于系统性揭示细胞表面可被T细胞识别的抗原肽谱（包括自身抗原、肿瘤新抗原、病原抗原、疫苗编码抗原及药物相关肽），支撑肿瘤免疫治疗、疫苗设计、自身免疫病机制研究与生物大分子药物免疫原性风险评估。

· 技术路线

首先样本前处理，包含温和裂解、特异性抗体富集HLA-I/HLA-II-肽段复合物、复合物分离肽段富集。其次质谱采集，采用DDA（经典）模式。之后查库，查库策略为多库联合：参考蛋白库+个性化蛋白库。最后抗原性预测，通过NetMHCpan / NetMHCIIpan进行亲和力分析和基序分析，进行抗原性预测。

· 数据分析

· 推荐应用领域

1. 肿瘤新抗原疫苗（mRNA/肽苗）候选肽发现

2. 感染病（病毒/细菌）T 细胞表位图谱

3. 自身免疫病（T1D、MS、SLE）自身抗原呈递异常

4. 治疗性蛋白/酶替代疗法 ADA 风险：是否呈递出抗药抗体诱导肽

5. mRNA-LNP 疫苗：Spike 之外是否呈递出非预期框架区/dsRNA 翻译肽

6. 异体细胞治疗（CAR-T 宿主 vs 移植物 GVHD 表位）

· 送样建议

样品类型		推荐送样量
动物组织类	常规动物组织（脑、心、肝、脾、肺、肾等）	≥100mg
细胞样品	悬浮/贴壁培养细胞	≥1×10^8

· 应用案例

1. Yadav M, Jhunjhunwala S, Phung QT, et al. Predicting immunogenic tumour mutations by combining mass spectrometry and exome sequencing. Nature. 2014;515(7528):572-576. doi:10.1038/nature14001

2. Huber F, Arnaud M, Stevenson BJ, et al. A comprehensive proteogenomic pipeline for neoantigen discovery to advance personalized cancer immunotherapy. Nat Biotechnol. 2025;43:1360-1372. doi:10.1038/s41587-024-02420-y

3. Kalaora S, Barnea E, Merhavi-Shoham E, et al. Use of HLA peptidomics and whole exome sequencing to identify human immunogenic neo-antigens. Oncotarget. 2016;7(5):5110-5117. doi:10.18632/oncotarget.6960

4. Reynisson B, Alvarez B, Paul S, Peters B, Nielsen M. NetMHCpan-4.1 and NetMHCIIpan-4.0: improved predictions of MHC antigen presentation by concurrent motif deconvolution and integration of MS MHC eluted ligand data. Nucleic Acids Res. 2020;48(W1):W449-W454. doi:10.1093/nar/gkaa379

5. Bassani-Sternberg M, Bräunlein E, Klar R, et al. Direct identification of clinically relevant neoepitopes presented on native human melanoma tissue by mass spectrometry. Nat Commun. 2016;7:13404. doi:10.1038/ncomms13404

6. Bulik-Sullivan B, Busby J, Palmer CD, et al. Deep learning using tumor HLA peptide mass spectrometry datasets improves neoantigen identification. Nat Biotechnol. 2019;37(1):55-63. doi:10.1038/nbt.4313

7. Purcell AW, Ramarathinam SH, Ternette N. Mass spectrometry-based identification of MHC-bound peptides for immunopeptidomics. Nat Protoc. 2019;14(6):1687-1707. doi:10.1038/s41596-019-0133-y

8. Chong C, Müller M, Pak H, et al. Integrated proteogenomic deep sequencing and analytics accurately identify non-canonical peptides in tumor immunopeptidomes. Nat Commun. 2020;11(1):1293. doi:10.1038/s41467-02014968-9