FDA：药效（PD）标志物的高效发现范例-基于SomaScan蛋白质组学方法
2026-06-22
中科新生命
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【试验设计】
临床阶段：I期（NCT04183491）
研究类型：随机、双盲、安慰剂对照、单次给药、平行分组
受试人群：健康志愿者，共84例
检测样本：血浆
治疗组别：
· IFNβ-1a（30μg、15μg、7.5μg，肌注）
· pegIFNβ-1a（125μg、62.5μg、31.25μg，皮下）
· 安慰剂（5%葡萄糖）
· 采样时间点：基线（0h）及给药后0.125、0.33、0.67、1.33、2、3、4、5、6天（pegIFNβ-1a组增加第9、13天）
【核心技术】
研究采用蛋白质组SomaScan平台，该技术基于SOMAmer（缓释修饰适配体），特异性识别和定量目标蛋白。其优势包括：
高通量：
单次覆盖最高约10000种蛋白
宽定量动态范围：
10个数量级线性，梯度稀释的高线性相关性（R>0.9）的数据占比>90%
高重现性：
CV中位数约5%
【分析策略】
第一阶段：
基于治疗剂量组，差异蛋白发现与初步筛选（第一篇研究）
步骤1：
差异表达蛋白筛选（基于线性混合效应模型）
步骤2：
峰值反应时间与效应幅度初筛（与安慰剂组进行比较；与基线进行比较）
步骤3：
AUEC显著性检验
步骤4：
正交技术验证（代表性候选蛋白IP-10，ProQuantum免疫PCR法）
第二阶段：
基于高、中、低剂量组，PD标志物深度评估与优先排序（第二篇研究）
步骤5：
中剂量独立验证
步骤6：
剂量-反应关系单调性
步骤7：
PD建模与敏感性分析
步骤8：
额外优先化建议
变异性：AUEC和Cmax的%CV优选 ≤ PK变异
回归基线：确定峰值后首次无显著差异的时间点
正交方法可用性：优先选择存在ELISA、免疫PCR等独立商业检测方法的蛋白
相关性：Pearson r≥0.7的蛋白簇中选反应最大的作为代表
生物学机理：IPA通路分析，确认与IFNβ通路因果关系
【结果】
最终确定9个高质量PD标志物，这些蛋白在机制上均与IFNβ信号通路相关，且多数呈现Emax剂量反应模型，表现出良好的敏感性和动态范围。部分蛋白（如I-TAC）与多个其他候选蛋白高度相关，具备复合标志物的应用潜力。
【总结】
FDA的系列研究表明：
（1）高通量蛋白质组学可系统发现复杂生物制剂的PD标志物，尤其适用于作用机制复杂或缺乏已知标志物的药物。
（2）SomaScan平台凭借其高覆盖、高灵敏和高重现性，成为此类发现的理想工具。
（3）该研究框架为药企提供了可复用的标准化路径，助力创新药及生物类似药的转化医学策略。
如果您正在开展药效（PD）标志物发现项目，或者关注SomaScan蛋白质组学技术服务。欢迎联系我们获取更多技术细节与合作信息。
关于中科新生命
上海中科新生命生物科技有限公司（APTBIO）成立于2004年，前身为原中国科学院上海生命科学研究院蛋白质组研究分析中心对外服务部。企业通过与国内外高等研究机构的技术合作和自有研发团队的创新能力组建了企业创新研究院，建立了大队列多组学研究技术平台、生物药物早研及临床前CMC研究分析平台、生物药及药械注册报批平台、AI大数据算法四大技术平台，布局科技服务、生物医药及大健康消费医疗CRO服务三大业务板块，构建了AI大数据结合质谱多组学技术应用的生命科学大健康商业版图。
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