常见问题

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皮肤可以做空间转录组吗? 2025-05-15

可以的,我们也做过皮肤组织的研究,相对而言,真皮层的表达水平可能会较低,而表皮层的表达水平会较高。我们已经开展过相关项目。

时空组学Stereo-seq有类器官的文章吗? 2025-05-15

已经有相关案例报道,例如Chao, Yiming, et al. Signal Transduction and Targeted Therapy 8.1 (2023): 230。我们已经做过一些关于类器官的研究案例,这些组织只是比较小而已,其他方面没有太大的差别。

Stereo-cite可以做哪些产品?什么时间可以正式做? 2025-05-15

Stereo-cite是检测空间转录组和空间蛋白两个组学的产品,目前正在测试阶段,可以预计2024年出相关的商业试剂盒,请老师和APT销售咨询进度

石蜡包埋的样本可以做Stereo-seq的产品吗? 2025-05-15

目前相应的产品正在测试中,石蜡样本的主要问题是RNA已经断裂。因此,基于polyA捕获的技术无法捕获石蜡包埋的RNA,只能使用随机扩增策略。随机扩增的产品正在研发中,请关注2024年可能会推出相应的产品。

组织解离RNA是否会扩散?有什么解决方案? 2025-05-15

组织解离时扩散是一个普遍现象。在冰冻切片方法中,这个问题是存在的。主要问题是在解离过程中,扩散几乎是无法避免的。如果没有充分透化,RNA可能无法释放出来;但透化过度,RNA可能会扩散到相邻的组织区域。因此,几乎每个组织或样本都有不同的透化时间,以找到相对平衡的点,使RNA得到充分消化,扩散较少。

对每一个样本都会对透化的时间进行探索和优化吗? 2025-05-15

理论上,我们建议对每个样本进行透化,但主要问题是透化试剂的成本比较高。在实际操作中,我们通常会对同类样本进行一次透化,例如处理组和对照组分别透化一次。对于明显差异较大的样本,例如不同发育时期的样本,我们可能会对每个发育时期进行一次透化优化,而不是每个样本都进行透化,因为成本是一个考虑因素。

比如临床都是胃癌样本,多个可以用相同透化时间? 2025-05-15

理论上是可以的,但如果样本之间的异质性很大,可能透化时间会有所不同。一般情况下,同类样本的透化时间是相似的,但不能保证完全一致。

HE染色能进行细胞分割吗,和荧光染色有什么区别吗? 2025-05-15

HE染色是可以进行细胞分割的,新推出的Stereo-seq已经兼容HE染色的方法。 荧光染色的图像对比度较高,像DAPI或ssDNA染色的细胞会更亮,个人认为这样做细胞分割会更准确一些。HE染色除了染色信息外,还包含一些组织结构的信息,因此可以辅助判断。但相反,HE染色的颜色对比度没有核染色那么明显,因此在细胞分割时可能精度会有所下降。 8,细胞核染色和空间转录组测序是用的一张切片吗? 是同一张切片 9,如果想联合单细胞进行分析,有相应的联合工具吗? 这个问题比较系统,我可能无法给出很系统的回答,比如大家熟悉的Seurat平台。它可以用于空间组学的最新版本,已经进行了许多单细胞和空间组学的整合分析。所以如果要进行技术分析,可以考虑使用Seurat这个软件。

细胞核染色和空间转录组测序是用的一张切片吗? 2025-05-15

是同一张切片

如果想联合单细胞进行分析,有相应的联合工具吗? 2025-05-15

这个问题比较系统,我可能无法给出很系统的回答,比如大家熟悉的Seurat平台。它可以用于空间组学的最新版本,已经进行了许多单细胞和空间组学的整合分析。所以如果要进行技术分析,可以考虑使用Seurat这个软件。

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