常见问题

目前对于非模式生物的细胞注释是一个难点。这个问题比较系统，可能需要进行专题交流。 简单回答一下，目前没有太多参考物种用于细胞注释。在单细胞测序中，当我们进行聚类分析后，如果遇到注释困难，我们缺乏一些有效的标记，注释是非常困难的。目前的理解是在注释时需要结合多种信息，例如建议首先进行细胞注释，建议使用单细胞测序数据，因为从基因检测率来看，单细胞组学的分辨率更高。然后可以进行同源比对，将基因比对到其他模式物种上，例如人、小鼠、斑马鱼等。对于植物来说，可以比对到拟南芥、水稻、玉米等模式物种上，这样可以得到一些参考的基因信息。此外，还可以通过富集分析等方法，结合基因的表达相关性等综合判断细胞类型。这些方法可能是主观和客观相结合的，然后进行细胞类型判断。

不建议这样做，至少对于冰冻切片方法来说。因为如果使用冰冻切片，需要进行透化，不同类型的组织透化时间是不一样的。因此，在实验过程中，首先要进行透化，然后再进行其他步骤。做不同类型的组织或不同发育时期的样本最好不要放在同一张片子上，因为透化时间不同，可能会导致某些组织已经透化并扩散了RNA，而其他组织可能还没有充分释放。这样的数据可能无法使用，所以不建议这样做。

可以将多个组织放在一个大芯片上进行分析。目前芯片比较大，而组织比较小，可以将多个组织拼接在一起。拼接有两种思路，一种是将多个小组织一起包埋在一个组织块中，然后一次性切片。这种方法比较容易操作，但可能多个组织不在同一截面上，截面的控制会有困难。另一种方法是每个组织单独包埋，然后将它们贴到一个片子上。这种方法可以控制截面，但不能拼接太多组织，否则操作难度较大，时间间隔较长，可能导致数据质量下降。

是的，细胞的分割是基于图像的

确实很难避免存在一些错误。关于图像和数据的正确匹配，我们理解是匹配是准确的。Stereo-seq技术在配准时，表达图像和核染色图像是可以精确对准的。因为芯片上有网格线，通过网格线进行配准，所以这两个图像在配准时是准确的。我们会进行人工校验，如果对准不准确，肉眼也可以看出来。问题可能主要在细胞分割方面，大部分数据是核染色的结果，所以在细胞分割时可能会有一定的误差，但可以保证大部分数据是准确的。 时空组学分析是以亚群为单位，分析亚群之间的差异。因此，只要绝大部分细胞分割准确的，少量细胞分割的错误不影响最终分析的准确性。

空间代谢组学（Spatial Metabolomics）基于质谱成像（Mass Spectrometry Imaging，MSI）技术开发，能够直接从生物组织中获得大量已知或未知的内源性代谢物和外源性药物等分子的结构、含量和空间分布信息，避免通过匀浆处理样本，造成的代谢物空间信息丢失，实现空间水平高分辨率且能精准定位组织中的代谢物分布。对组织中的代谢异质研究、积累和调控机理至关重要。

传统代谢组学研究异质性的方法是将肿瘤组织进行切割，分为癌组织、近/远端癌旁组织、正常组织后，再进行均浆代谢组分析。传统代谢组技术的局限性主要包括：1.对固体组织做整体匀浆，导致了分子空间位置信息的丢失；2.检测到某些分子的含量升高或降低，会被误认为是整体浓度的变化；3.整体匀浆会导致低丰度的分子被”稀释“而低于仪器的检测限。而空间代谢从分子层面出发，可以客观反应组织异质。另一个方面，匀浆代谢组无法在单细胞/亚细胞水平分析代谢扰动。

深度空间代谢组学是中科新生命基于Bruker最新质谱成像平台，TIMS-TOF FLEX MALDI 2开发，兼具检测深度和高分辨率的空间代谢组学产品。主要优势： TIMS-TOF FLEX MALDI 2是Bruker目前最新和性能最好的质谱成像平台，我们是国内首家对外开展服务的第三方服务机构

理论上可以被制备成切片的组织样本均可以开展空间代谢组学分析，在准备过程中需要注意样本中代谢物种类、含量和空间分布不受到非实验因素影响，所以通常使用新鲜组织样本进行空间代谢组学分析。另一方面大家比较关注的福尔马林处理、石蜡固定样本、酒精处理样本，因为其在脱水及固定的过程中代谢物伴随各类溶剂大量流失，空间分布发生变化，导致最终检测效果无法真实反应表型，所以不推荐使用。

可以提供新鲜的组织样本如心脏、肝脏、脑、肿瘤组织，植物根、茎、果实、叶等，其中含水量比较高的眼球、植物组织等样本建议包埋处理。也可以直接提供制备好的切片（10~20 μm），开展项目前请与我们联系获取bruker MALDI 2专用导电载玻片，建议切片总大小不超过20mm*60mm。对于组织样本，建议：1.具有成型的组织结构；2.尽可能使用速冻的新鲜组织。