基于质谱的空间代谢成像时，离子源检测的单位离子化面积的大小，就是空间代谢的空间分辨率。空间分辨率越小，成像谱图越精细，同时单位时间内能检测的样本面积就越小，完成样本检测的整体耗时就越长
空间分辨率越小，更容易发现独特代谢群体，揭示组织代谢的异质性。
举例来说，如果一张组织切片全部由直径10μm的细胞组成，50μm空间分辨率成像单个像素大小为50μm*50μm，即每个像素点约是25个细胞的平均代谢物信息，100μm空间分辨率的每个像素约是100个细胞的平均代谢物信息。显而易见的是50μm成像相比100μm成像更容易检测到具有独特代谢模式的细胞亚型或者区域，并避免受到其它细胞群体覆盖。
深度空间代谢组学默认交付的空间分辨率为50μm，也可以根据客户需求提高成像分辨率，如20um、10um等，最高可做5um成像。
空间分辨率直接决定了空间代谢学的分析水平，通常10μm、20μm已经无限接近单细胞水平，可以具体情况具体讨论。比如客户想看组织异质性并发现一些差异代谢物分子，50μm已经足以揭示异质性；如果客户前期研究已经锁定某些结构或者细胞群体，建议提升至20μm，避免细胞群体间发生互相覆盖，导致目标区域和细胞的代谢信息遭到覆盖。
深度空间代谢组数据分析结果主要包括HE染色、质谱成像分析（空间聚类分析(Segmentation)、代谢物分子成像、主成分分析、ROC分析、代谢物分子空间共定位分析等）和代谢物统计学差异分析及生物信息学分析。
深度空间代谢组学的原始数据通过SCILSTM Lab软件处理。SCILSTM Lab是由Bruker公司针对空间代谢组学数据特点而开发的商业化质谱成像分析软件。该软件很好地解决了传统数据处理中，涉及空间和高维代谢组信息整合时，难以准确展现真实分子层面的变化的痛点。目前该软件被广泛使用，堪称分析利器。
一般情况下提到的空间代谢组学离子峰数，是分析整张切片过程中所有被检测到的离子峰数量。空间代谢组图像中的每个像素点由质谱成像系统独立检测产生，所以每个像素点都会有自己的代谢组信息，选择不同的区域（像素集）会对应不同的离子峰数量。而传统的LC-MS代谢组，一个样本上机检测到离子峰数量则是固定的
不是，尽管检测到的离子峰数量是评价空间代谢结果的重要指标，但空间代谢组学检测中很大一部分离子峰源自噪音和离子碎片，该类峰没有实际意义，属于无效峰，所以单纯计算总离子峰数量没意义，属于冗余信息需要过滤处理。
深度空间代谢组学基于质谱成像数据主流分析软件MetaboscapeTM对数据集进行了过滤。其主要处理判断原则是代谢物在组织和细胞中会存在丰度差异，但分布应该具有普遍性。所以判断一个离子峰是否有效，可以考虑其在整个区域中的分布、信号强度等信息，并建立阈值进行筛选。经过数据过滤处理，我们得以确保交付项目结果中均是有效离子峰的成像图，从而避免老师们在数据分析时产生误导。
目前深度空间代谢在过滤掉大量低质量无效峰后，仍然表现了出优异的通量。根据组织类型不同，过滤后的离子峰数最高近3000个，平均约1800个，是您值得信赖的空间代谢组学分析产品。
