常见问题

深度空间代谢组学主要应用：1.从空间维度揭示组织和细胞群体的代谢异质性；2.原位研究细胞亚群及特定微环境代谢特征；3.靶向分析特定代谢物分子/药物在组织中的代谢情况。

小分子数据库: 3万+本地非靶数据库; H650靶向功能数据库; HMDB数据库; KEGG数据库; 2万+植物非靶数据库; 中药数据库；脂质数据库: lipidsearch 170万+脂质分子数据库; metaboscape脂质数据库。

由于存在遗传和环境因素的影响，个体间会存在差异，因此实验设计需要引入生物学重复消除该差异。近年来，单细胞测序文章对生物学重复的要求也越来越高，例如临床样本，其异质性很高，建议每组尽量保证5个样本的生物学重复。而动物模型的样本也尽量保证每组3个生物学重复。

目前，对单细胞悬液需要先进行质检和计数，一般要求细胞数目≥5万，细胞存活率≥ 80%，将检测合格的细胞经洗涤、重悬制备成合适的细胞浓度500~1200 cells/ul，细胞尺径：5 um ≤ X ≤ 40um，细胞背景干净。以备进行10x Genomics Chromium™ X系统上机操作。

中科新生命搭建10×Genomics最新的单细胞仪器平台Chromium X有16个通道，每个通道单次最多可以捕获2万个单细胞。通常每个样本捕获6K-1w的细胞数目就可以基本满足实验分析需求。是否需要捕获更大的细胞量，需要根据老师实验目的来决定。

如果有明确研究方向或者目标细胞群，细胞分选可以提高分辨率，得到更精确的亚群分析，比如免疫细胞占比很高的骨髓，想要关注到基质细胞，可以采用去除免疫细胞的方式分选细胞进行单细胞测序。现阶段公司可提供磁珠分选CD45+细胞（美天旎），如果客户有更高要求，可自己使用流式细胞仪或其它方式先对特定细胞类型进行分选，同时预约上门实验进行单细胞捕获细胞。根据研究目的选择是否进行细胞分选。

细胞活性过低时，细胞内的 RNA 可能会游离出细胞，发生降解，从而得到的数据无法准确反映每个细胞样品内转录本的表达情况，影响基因检出。因此如果老师细胞数目及细胞情况实在无法满足要求，需要事先了解风险再决定是否上机。

可以做，但是有风险。cell counter 计数最佳细胞浓度在5×105~1×106细胞左右，如果细胞数过低，很有可能会存在计数不准确的情况，我们就无法较准确得到细胞浓度 从而进行上样，这会影响后续实际细胞检出数目；另外，实验前需要清洗细胞2次，每次损失至少25%，而且细胞计数2次也会损失一定细胞，太少量无法进行操作。

标记效率官方是65%。实际项目中，如果悬液质量比较好、活性高、杂质少，标记效率甚至高于65%。标记上的细胞多，那么拿到的细胞肯定也多，但是也会有另一个问题，就是单个细胞的数据量少了，所以在实际项目中需要平衡。

成熟的红细胞转单细胞转录组没有研究实际意义，由于红细胞不包含核糖体，其RNA序列主要由血红蛋白基因 (HBB)组成，这些序列对于我们研究其他细胞的基因表达没有太多意义，因此会降低其他细胞的RNA测序效率。（骨髓未成熟的红细胞是可行的，未成熟红细胞含有细胞核，裂红处理的时候基本不会有细胞损伤）。

单细胞V(D)J是针对人和小鼠的T淋巴细胞或B淋巴细胞的产品，因此只要您的物种是人或小鼠，样本中含有B/T细胞（建议比例高于10%，或上机前样本进行T/B细胞富集处理）即可，比如肿瘤样本、PBMC样本、分选的B/T细胞等。