常见问题

理论上，我们建议对每个样本进行透化，但主要问题是透化试剂的成本比较高。在实际操作中，我们通常会对同类样本进行一次透化，例如处理组和对照组分别透化一次。对于明显差异较大的样本，例如不同发育时期的样本，我们可能会对每个发育时期进行一次透化优化，而不是每个样本都进行透化，因为成本是一个考虑因素。

理论上是可以的，但如果样本之间的异质性很大，可能透化时间会有所不同。一般情况下，同类样本的透化时间是相似的，但不能保证完全一致。

HE染色是可以进行细胞分割的，新推出的Stereo-seq已经兼容HE染色的方法。 荧光染色的图像对比度较高，像DAPI或ssDNA染色的细胞会更亮，个人认为这样做细胞分割会更准确一些。HE染色除了染色信息外，还包含一些组织结构的信息，因此可以辅助判断。但相反，HE染色的颜色对比度没有核染色那么明显，因此在细胞分割时可能精度会有所下降。 8，细胞核染色和空间转录组测序是用的一张切片吗？ 是同一张切片 9，如果想联合单细胞进行分析，有相应的联合工具吗？ 这个问题比较系统，我可能无法给出很系统的回答，比如大家熟悉的Seurat平台。它可以用于空间组学的最新版本，已经进行了许多单细胞和空间组学的整合分析。所以如果要进行技术分析，可以考虑使用Seurat这个软件。

是同一张切片

这个问题比较系统，我可能无法给出很系统的回答，比如大家熟悉的Seurat平台。它可以用于空间组学的最新版本，已经进行了许多单细胞和空间组学的整合分析。所以如果要进行技术分析，可以考虑使用Seurat这个软件。

目前对于非模式生物的细胞注释是一个难点。这个问题比较系统，可能需要进行专题交流。 简单回答一下，目前没有太多参考物种用于细胞注释。在单细胞测序中，当我们进行聚类分析后，如果遇到注释困难，我们缺乏一些有效的标记，注释是非常困难的。目前的理解是在注释时需要结合多种信息，例如建议首先进行细胞注释，建议使用单细胞测序数据，因为从基因检测率来看，单细胞组学的分辨率更高。然后可以进行同源比对，将基因比对到其他模式物种上，例如人、小鼠、斑马鱼等。对于植物来说，可以比对到拟南芥、水稻、玉米等模式物种上，这样可以得到一些参考的基因信息。此外，还可以通过富集分析等方法，结合基因的表达相关性等综合判断细胞类型。这些方法可能是主观和客观相结合的，然后进行细胞类型判断。

不建议这样做，至少对于冰冻切片方法来说。因为如果使用冰冻切片，需要进行透化，不同类型的组织透化时间是不一样的。因此，在实验过程中，首先要进行透化，然后再进行其他步骤。做不同类型的组织或不同发育时期的样本最好不要放在同一张片子上，因为透化时间不同，可能会导致某些组织已经透化并扩散了RNA，而其他组织可能还没有充分释放。这样的数据可能无法使用，所以不建议这样做。

可以将多个组织放在一个大芯片上进行分析。目前芯片比较大，而组织比较小，可以将多个组织拼接在一起。拼接有两种思路，一种是将多个小组织一起包埋在一个组织块中，然后一次性切片。这种方法比较容易操作，但可能多个组织不在同一截面上，截面的控制会有困难。另一种方法是每个组织单独包埋，然后将它们贴到一个片子上。这种方法可以控制截面，但不能拼接太多组织，否则操作难度较大，时间间隔较长，可能导致数据质量下降。

是的，细胞的分割是基于图像的

确实很难避免存在一些错误。关于图像和数据的正确匹配，我们理解是匹配是准确的。Stereo-seq技术在配准时，表达图像和核染色图像是可以精确对准的。因为芯片上有网格线，通过网格线进行配准，所以这两个图像在配准时是准确的。我们会进行人工校验，如果对准不准确，肉眼也可以看出来。问题可能主要在细胞分割方面，大部分数据是核染色的结果，所以在细胞分割时可能会有一定的误差，但可以保证大部分数据是准确的。 时空组学分析是以亚群为单位，分析亚群之间的差异。因此，只要绝大部分细胞分割准确的，少量细胞分割的错误不影响最终分析的准确性。