常见问题

空间代谢组学（Spatial Metabolomics）基于质谱成像（Mass Spectrometry Imaging，MSI）技术开发，能够直接从生物组织中获得大量已知或未知的内源性代谢物和外源性药物等分子的结构、含量和空间分布信息，避免通过匀浆处理样本，造成的代谢物空间信息丢失，实现空间水平高分辨率且能精准定位组织中的代谢物分布。对组织中的代谢异质研究、积累和调控机理至关重要。

传统代谢组学研究异质性的方法是将肿瘤组织进行切割，分为癌组织、近/远端癌旁组织、正常组织后，再进行均浆代谢组分析。传统代谢组技术的局限性主要包括：1.对固体组织做整体匀浆，导致了分子空间位置信息的丢失；2.检测到某些分子的含量升高或降低，会被误认为是整体浓度的变化；3.整体匀浆会导致低丰度的分子被”稀释“而低于仪器的检测限。而空间代谢从分子层面出发，可以客观反应组织异质。另一个方面，匀浆代谢组无法在单细胞/亚细胞水平分析代谢扰动。

深度空间代谢组学是中科新生命基于Bruker最新质谱成像平台，TIMS-TOF FLEX MALDI 2开发，兼具检测深度和高分辨率的空间代谢组学产品。主要优势： TIMS-TOF FLEX MALDI 2是Bruker目前最新和性能最好的质谱成像平台，我们是国内首家对外开展服务的第三方服务机构

理论上可以被制备成切片的组织样本均可以开展空间代谢组学分析，在准备过程中需要注意样本中代谢物种类、含量和空间分布不受到非实验因素影响，所以通常使用新鲜组织样本进行空间代谢组学分析。另一方面大家比较关注的福尔马林处理、石蜡固定样本、酒精处理样本，因为其在脱水及固定的过程中代谢物伴随各类溶剂大量流失，空间分布发生变化，导致最终检测效果无法真实反应表型，所以不推荐使用。

可以提供新鲜的组织样本如心脏、肝脏、脑、肿瘤组织，植物根、茎、果实、叶等，其中含水量比较高的眼球、植物组织等样本建议包埋处理。也可以直接提供制备好的切片（10~20 μm），开展项目前请与我们联系获取bruker MALDI 2专用导电载玻片，建议切片总大小不超过20mm*60mm。对于组织样本，建议：1.具有成型的组织结构；2.尽可能使用速冻的新鲜组织。

最佳推荐方法是使用10%的CMC通过异戊烷+干冰速冻对组织进行包埋。其中异戊烷与干冰一起使用可以达到比较理想的控温效果，极大程度减少组织中因速冻产生的冰晶，可以在速冻保持代谢物状态的同时，维持较好组织的形态。如无法采购到异戊烷，可以将含有组织和包埋液的包埋盒转移至干冰粉末上冷却包埋剂，直到包埋剂完全凝固变白后取出。此外不推荐使用OCT包埋剂，因其质地较软，在后期制片中切片边缘会携带 OCT，会抑制离子信号响应，干扰部分边缘区域的代谢物分析

可以，自制切片可以节省沟通时间，加快实验周期。需要注意的是深度空间代谢组学样本需放置于Bruker MALDI 2专用导电载玻片上，如自制切片请提前联系我们寄送导电载玻片，标准导电载玻片规格为2.5cm * 7.5cm，切片放置区域为下图红框标定的定位孔内。建议总大小不超过20mm*60mm，一块载玻片上可以放置多个切片。切片样本如需我们进行HE染色，请同时寄送对应备份邻片样本。

送样后技术部会与您沟通时间，以在线实时的形式，共同完成切片与H&E染色，直到确认上机检测的切片。

使用锡箔纸简单包裹速冻组织样本/包埋组织样本，转入填充有棉花等柔软物的50ml离心管，转入-80℃保存，送样时装入含有足量干冰的保温箱寄送。

样本在-80℃条件下可以长期保存，样本尽可能保存于低温冰箱深处并保持与空气隔离，可以有效防止外部水汽在样本表面凝结形成冰晶或者冻融导致样本结构形态产生变化。