常规动物模型和植物样本建议生物学重复数n ≥3以上，临床样本/大型动物建议生物学重复数n ≥5以上。深度空间代谢组学数据本质是区域中的像素点间的分析，不受样本重复数影响，但是应该确保分析结果有普遍性，所以还是需要设计生物学重复。
中科新生命深度空间代谢组学提供由切片到分析的完整深度空间代谢组学解决方案，基于Bruker最新质谱成像平台TIMS-TOF flex MALDI 2，搭建完整分析实验流程，全流程高端仪器配置，同时可开展靶向检测与非靶向探索两种模式，结合多功能集成成像分析工作站可以满足多元化分析检测需求，客户仅需准备好组织样本即可开展实验。
利用苏木精染液和伊红染液对组织进行染色，使细胞结构与形态得以被清晰观察，是组织学、病理学中最基础和应用范围最广的技术。可以将H&E染色结果与成像结果联合分析，锁定关注区域进一步深入解析。
基质可以使代谢物分子高效离子化，从而获得更多代谢物信息，非靶向探索覆盖度更高。中科新生命深度空间代谢组产品有多种基质可供选择，如CHCA、DHB、9-AA、Mix matrix等，根据客户关注代谢物范围，灵活优化实验体系，靶向代谢物检出成功率更高。
空间分辨率的定义是一张图像上能进行详细区分的最小像素单元的大小，通常来讲空间分辨率越小，图像包含的信息越多，识别能力也越强。通常一张空间分辨率为50μm图片的信息量约是100μm图片的4倍。
基于质谱的空间代谢成像时，离子源检测的单位离子化面积的大小，就是空间代谢的空间分辨率。空间分辨率越小，成像谱图越精细，同时单位时间内能检测的样本面积就越小，完成样本检测的整体耗时就越长
空间分辨率越小，更容易发现独特代谢群体，揭示组织代谢的异质性。
举例来说，如果一张组织切片全部由直径10μm的细胞组成，50μm空间分辨率成像单个像素大小为50μm*50μm，即每个像素点约是25个细胞的平均代谢物信息，100μm空间分辨率的每个像素约是100个细胞的平均代谢物信息。显而易见的是50μm成像相比100μm成像更容易检测到具有独特代谢模式的细胞亚型或者区域，并避免受到其它细胞群体覆盖。
深度空间代谢组学默认交付的空间分辨率为50μm，也可以根据客户需求提高成像分辨率，如20um、10um等，最高可做5um成像。
空间分辨率直接决定了空间代谢学的分析水平，通常10μm、20μm已经无限接近单细胞水平，可以具体情况具体讨论。比如客户想看组织异质性并发现一些差异代谢物分子，50μm已经足以揭示异质性；如果客户前期研究已经锁定某些结构或者细胞群体，建议提升至20μm，避免细胞群体间发生互相覆盖，导致目标区域和细胞的代谢信息遭到覆盖。
深度空间代谢组数据分析结果主要包括HE染色、质谱成像分析（空间聚类分析(Segmentation)、代谢物分子成像、主成分分析、ROC分析、代谢物分子空间共定位分析等）和代谢物统计学差异分析及生物信息学分析。
